Pyrococcus furiosus argonaute based Alicyclobacillus acidoterrestrsis detection in fruit juice

火球菌属 基因组DNA 化学 超嗜热菌 DNA 生物化学 荧光 分子生物学 生物 基因 古细菌 物理 量子力学
作者
Yiheng Shi,Zishan Tan,Di Wu,Yongning Wu,Guoliang Li
出处
期刊:Food Microbiology [Elsevier]
卷期号:120: 104475-104475 被引量:1
标识
DOI:10.1016/j.fm.2024.104475
摘要

Alicyclobacillus acidoterrestris is the major threat to fruit juice for its off-odor producing characteristic. In this study, Pyrococcus furiosus Argonaute (PfAgo), a novel endonuclease with precise DNA cleavage activity, was used for A. acidoterrestris detection, termed as PAD. The partially amplified 16 S rRNA gene of A. acidoterrestris can be cleaved by PfAgo activated by a short 5′-phosphorylated single strand DNA, producing a new guide DNA (gDNA). Then, PfAgo was activated by the new gDNA to cut a molecular beacon (MB) with fluorophore-quencher reporter, resulting in the recovery of fluorescence. The fluorescent intensity is positively related with the concentration of A. acidoterrestris. The PAD assay showed excellent specificity and sensitivity as low as 101 CFU/mL, which can be a powerful tool for on-site detection of A. acidoterrestris in fruit juice industry in the future, reducing the economic loss.
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