Predicting allosteric sites using fast conformational sampling as guided by coarse-grained normal modes

变构调节 伴随蛋白 采样(信号处理) 分子动力学 生物系统 蛋白质动力学 计算机科学 变构酶 化学 生物物理学 计算生物学 计算化学 蛋白质折叠 生物 受体 生物化学 滤波器(信号处理) 计算机视觉
作者
Wenjun Zheng
出处
期刊:Journal of Chemical Physics [American Institute of Physics]
卷期号:158 (12)
标识
DOI:10.1063/5.0141630
摘要

To computationally identify cryptic binding sites for allosteric modulators, we have developed a fast and simple conformational sampling scheme guided by coarse-grained normal modes solved from the elastic network models followed by atomistic backbone and sidechain reconstruction. Despite the complexity of conformational changes associated with ligand binding, we previously showed that simply sampling along each of the lowest 30 modes can adequately restructure cryptic sites so they are detectable by pocket finding programs like Concavity. Here, we applied this method to study four classical examples of allosteric regulation (GluR2 receptor, GroEL chaperonin, GPCR, and myosin). Our method along with alternative methods has been utilized to locate known allosteric sites and predict new promising allosteric sites. Compared with other sampling methods based on extensive molecular dynamics simulation, our method is both faster (1–2 h for an average-size protein of ∼400 residues) and more flexible (it can be easily integrated with any structure-based pocket finding methods), so it is suitable for high-throughput screening of large datasets of protein structures at the genome scale.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
CMD完成签到 ,获得积分10
2秒前
2秒前
4秒前
5秒前
眇鱼完成签到 ,获得积分10
5秒前
Xxynysmhxs完成签到 ,获得积分10
6秒前
6秒前
炙热的醉易完成签到,获得积分20
6秒前
自觉樱桃应助fifteen采纳,获得10
6秒前
lxy发布了新的文献求助10
6秒前
hd发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
9秒前
9秒前
冯大夫发布了新的文献求助10
11秒前
11秒前
11秒前
李健应助木木采纳,获得10
11秒前
八点必起发布了新的文献求助30
11秒前
tikka完成签到,获得积分10
12秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助200
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
14秒前
wjx发布了新的文献求助10
15秒前
科目三应助丁爽采纳,获得10
16秒前
SciGPT应助lxy采纳,获得10
17秒前
john完成签到,获得积分10
18秒前
19秒前
19秒前
20秒前
20秒前
orixero应助安静一曲采纳,获得30
20秒前
unite 小丘发布了新的文献求助10
21秒前
火星上的毛豆完成签到,获得积分10
21秒前
高分求助中
Evolution 10000
ISSN 2159-8274 EISSN 2159-8290 1000
Becoming: An Introduction to Jung's Concept of Individuation 600
Ore genesis in the Zambian Copperbelt with particular reference to the northern sector of the Chambishi basin 500
A new species of Coccus (Homoptera: Coccoidea) from Malawi 500
A new species of Velataspis (Hemiptera Coccoidea Diaspididae) from tea in Assam 500
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3160924
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2812163
关于积分的说明 7894580
捐赠科研通 2471015
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1315853
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 631036
版权声明 602068