Interplay between whole-genome doubling and the accumulation of deleterious alterations in cancer evolution

生物 杂合子丢失 癌症的体细胞进化 体细胞 遗传学 基因组 否定选择 癌症 基因 进化生物学 等位基因
作者
Saioa López,Emilia L. Lim,Stuart Horswell,Kerstin Haase,Ariana Huebner,Michelle Dietzen,Thanos P. Mourikis,Thomas B.K. Watkins,Andrew Rowan,Sally M. Dewhurst,Nicolai J. Birkbak,Gareth A. Wilson,Peter Van Loo,Mariam Jamal‐Hanjani,Charles Swanton,Nicholas McGranahan
出处
期刊:Nature Genetics [Nature Portfolio]
卷期号:52 (3): 283-293 被引量:185
标识
DOI:10.1038/s41588-020-0584-7
摘要

Whole-genome doubling (WGD) is a prevalent event in cancer, involving a doubling of the entire chromosome complement. However, despite its prevalence and prognostic relevance, the evolutionary selection pressures for WGD in cancer have not been investigated. Here, we combine evolutionary simulations with an analysis of cancer sequencing data to explore WGD during cancer evolution. Simulations suggest that WGD can be selected to mitigate the irreversible, ratchet-like, accumulation of deleterious somatic alterations, provided that they occur at a sufficiently high rate. Consistent with this, we observe an enrichment for WGD in tumor types with extensive loss of heterozygosity, including lung squamous cell carcinoma and triple-negative breast cancers, and we find evidence for negative selection against homozygous loss of essential genes before, but not after, WGD. Finally, we demonstrate that loss of heterozygosity and temporal dissection of mutations can be exploited to identify novel tumor suppressor genes and to obtain a deeper characterization of known cancer genes. Analysis of whole-genome doubling (WGD) by using cancer sequencing data combined with simulations of tumor evolution suggests that there is negative selection against homozygous loss of essential genes before WGD but not after.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
zpeng完成签到,获得积分10
1秒前
1区冲啊完成签到,获得积分10
2秒前
眨眨眼完成签到,获得积分20
3秒前
丘比特应助ZY采纳,获得10
4秒前
4秒前
贰鸟应助drzz采纳,获得10
5秒前
6秒前
6秒前
lizhen完成签到,获得积分10
7秒前
英俊的铭应助lalala采纳,获得10
8秒前
善学以致用应助jessiefuli采纳,获得10
8秒前
8秒前
打打应助认真跳跳糖采纳,获得10
8秒前
淡定荧完成签到,获得积分10
8秒前
随波逐流完成签到,获得积分10
9秒前
hhh发布了新的文献求助10
9秒前
YUMI发布了新的文献求助10
9秒前
9秒前
张部长发布了新的文献求助10
10秒前
善学以致用应助郭志倩采纳,获得10
10秒前
奥特超曼应助幽默贞采纳,获得10
11秒前
幸福大白发布了新的文献求助10
11秒前
xyx发布了新的文献求助10
11秒前
积极的誉发布了新的文献求助10
12秒前
Georges-09发布了新的文献求助10
13秒前
xn201120发布了新的文献求助10
13秒前
好好好发布了新的文献求助10
14秒前
小哈完成签到,获得积分20
15秒前
顾矜应助我的小宝贝采纳,获得10
15秒前
ioio发布了新的文献求助20
16秒前
17秒前
幸福大白发布了新的文献求助30
20秒前
优秀的凌波完成签到,获得积分20
21秒前
1MENINA1完成签到 ,获得积分10
22秒前
22秒前
天天快乐应助快来拾糖采纳,获得10
22秒前
不再挨训完成签到 ,获得积分10
22秒前
jessiefuli发布了新的文献求助10
23秒前
冷傲山彤完成签到,获得积分10
25秒前
Hello应助研友_84WJXZ采纳,获得10
26秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989510
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531756
关于积分的说明 11254536
捐赠科研通 3270255
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804947
邀请新用户注册赠送积分活动 882113
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809176