Three novel species of the genus Flavobacterium, Flavobacterium odoriferum sp. nov., Flavobacterium fragile sp. nov. and Flavobacterium luminosum sp. nov., isolated from activated sludge

黄杆菌 生物 微生物学 黄杆菌科 系统发育树 拉伤 基因 细菌 16S核糖体RNA 遗传学 假单胞菌 拟杆菌 解剖
作者
Ran Qi,Xinran Du,Lin Han,Jingjing Wang,Yuezhong Li
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:74 (2) 被引量:4
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.006258
摘要

Three Gram-stain-negative, rod-shaped, non-spore-forming bacteria were isolated from activated sludge samples. The results of phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequences indicated that the three strains, designated HXWNR29 T , HXWNR69 T and HXWNR70 T , had the highest sequence similarity to the type strains Flavobacterium cheniae NJ-26 T , Flavobacterium channae KSM-R2A30 T and Flavobacterium amniphilum KYPY10 T with similarities of 97.66 %, 98.66 and 98.14 %, respectively. The draft genomes of these three strains were 2.93 Mbp (HXWNR29 T ), 2.69 Mbp (HXWNR69 T ) and 2.65 Mbp (HXWNR70 T ) long with DNA G+C contents of 31.84 %, 32.83 % and 34.66 %, respectively. These genomes contained many genes responsible for carbohydrate degradation and antibiotic resistance. The major fatty acids (>5 %) included iso-C 15 : 0 , iso-C 15 : 0 3-OH and iso-C 17 : 0 3-OH. The major menaquinone was MK-6 for all the three strains. The average nucleotide identity (ANI; 72.7–88.5 %) and digital DNA–DNA hybridization (dDDH; 19.6–35.3 %) results further indicated that these three strains represented three novel species within the genus Flavobacterium , for which the names Flavobacterium odoriferum sp. nov. (type strain HXWNR29 T = KCTC 92446 T = CGMCC 1.61821 T ), Flavobacterium fragile sp. nov. (type strain HXWNR69 T = KCTC 92468 T = CGMCC 1.61442 T ) and Flavobacterium luminosum sp. nov. (type strain HXWNR70 T = KCTC 92447 T = CGMCC 1.61443 T ) are proposed.
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