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Deciphering human macrophage development at single-cell resolution

生物 胚胎干细胞 胚胎发生 卵黄囊 转录组 细胞生物学 人口 造血 巨噬细胞 细胞 胚胎 单细胞分析 免疫学 计算生物学 干细胞 遗传学 基因 体外 基因表达 医学 环境卫生
作者
Zhilei Bian,Yandong Gong,Tao Huang,Christopher Lee,Lihong Bian,Zhijie Bai,Hui Shi,Yang Zeng,Chen Liu,Jian He,Jie Zhou,Xianlong Li,Zongcheng Li,Yanli Ni,Chunyu Ma,Lei Cui,Jingliang Zhang,Jerry Kok Yen Chan,Lai Guan Ng,Yu Lan,Florent Ginhoux,Bing Liu
出处
期刊:Nature [Springer Nature]
卷期号:582 (7813): 571-576 被引量:330
标识
DOI:10.1038/s41586-020-2316-7
摘要

Macrophages are the first cells of the nascent immune system to emerge during embryonic development. In mice, embryonic macrophages infiltrate developing organs, where they differentiate symbiotically into tissue-resident macrophages (TRMs)1. However, our understanding of the origins and specialization of macrophages in human embryos is limited. Here we isolated CD45+ haematopoietic cells from human embryos at Carnegie stages 11 to 23 and subjected them to transcriptomic profiling by single-cell RNA sequencing, followed by functional characterization of a population of CD45+CD34+CD44+ yolk sac-derived myeloid-biased progenitors (YSMPs) by single-cell culture. We also mapped macrophage heterogeneity across multiple anatomical sites and identified diverse subsets, including various types of embryonic TRM (in the head, liver, lung and skin). We further traced the specification trajectories of TRMs from either yolk sac-derived primitive macrophages or YSMP-derived embryonic liver monocytes using both transcriptomic and developmental staging information, with a focus on microglia. Finally, we evaluated the molecular similarities between embryonic TRMs and their adult counterparts. Our data represent a comprehensive characterization of the spatiotemporal dynamics of early macrophage development during human embryogenesis, providing a reference for future studies of the development and function of human TRMs.
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