Hepatocellular carcinoma risk variant modulates lncRNA HLA-DQB1-AS1 expression via a long-range enhancer–promoter interaction

生物 增强子 单核苷酸多态性 全基因组关联研究 肝细胞癌 等位基因 表达数量性状基因座 遗传学 SNP公司 癌基因 癌症研究 转录因子 基因型 基因 细胞周期
作者
Haoxue Wang,Beifang Yang,Xiaomin Cai,Xiang Cheng,Na Shen,Li Liu,Jiaoyuan Li,Ying Wang,Heng He,Pingting Ying,Bin Li,Zequn Lu,Nan Yang,Xiaoyang Wang,Fuwei Zhang,Yanmin Li,Wenzhuo Wang,Caibo Ning,Ying Zhu,Jiang Chang,Xiaoping Miao,Jianbo Tian,Rong Zhong
出处
期刊:Carcinogenesis [Oxford University Press]
卷期号:42 (11): 1347-1356 被引量:10
标识
DOI:10.1093/carcin/bgab095
摘要

Abstract Substantial evidence highlighted the critical role of long non-coding RNAs (lncRNA) in driving hepatocarcinogenesis. We hypothesized that functional variants in genome-wide association studies (GWASs) associated loci might alter the expression levels of lncRNAs and contribute to the development of hepatocellular carcinoma (HCC). Here, we prioritized potentially cis-expression quantitative trait loci-based single nucleotide polymorphism (SNP)-lncRNA association together with the physical interaction by the analyses from Hi-C data in GWAS loci of chronic hepatitis B and HCC. Subsequently, by leveraging two-stage case-control study (1738 hepatitis B [HBV]) related HCC cases and 1988 HBV persistent carriers) and biological assays, we identified that rs2647046 was significantly associated with HCC risk (odds ratio = 1.26, 95% CI = 1.11 to 1.43, P = 4.14 × 10−4). Luciferase reporter assays and electrophoretic mobility shift assays showed that rs2647046 A allele significantly increased transcriptional activity via influencing transcript factor binding affinity. Allele-specific chromosome conformation capture assays revealed that enhancer with rs2647046 interacted with the HLA-DQB1-AS1 promoter to allele-specifically influence its expression by CTCF-mediated long-range loop. Cell proliferation assays indicated that HLA-DQB1-AS1 is a potential oncogene in HCC. Our study showed HLA-DQB1-AS1 regulated by a causal SNP in a long-range interaction manner conferred the susceptibility to HCC, suggesting an important mechanism of modulating lncRNA expression for risk-associated SNPs in the etiology of HCC.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
dzy完成签到,获得积分20
1秒前
amber完成签到 ,获得积分10
1秒前
Green完成签到,获得积分10
3秒前
4秒前
小木子完成签到,获得积分10
6秒前
舟遥遥完成签到,获得积分10
7秒前
华仔应助大橙子采纳,获得10
9秒前
桐桐应助Bismarck采纳,获得10
13秒前
CLY完成签到,获得积分10
14秒前
15秒前
rita_sun1969完成签到,获得积分10
16秒前
研友_8K2QJZ完成签到,获得积分10
16秒前
蝴蝶完成签到 ,获得积分10
17秒前
ARIA完成签到 ,获得积分10
17秒前
大橙子发布了新的文献求助10
20秒前
Bismarck完成签到,获得积分20
21秒前
21秒前
爱笑子默完成签到,获得积分10
22秒前
22秒前
一点完成签到,获得积分10
24秒前
研友_VZG7GZ应助大葱鸭采纳,获得10
24秒前
DezhaoWang完成签到,获得积分10
25秒前
知犯何逆发布了新的文献求助10
26秒前
原本完成签到,获得积分10
26秒前
Bismarck发布了新的文献求助10
27秒前
苗条丹南完成签到 ,获得积分10
29秒前
yu完成签到 ,获得积分10
32秒前
skyleon完成签到,获得积分10
32秒前
无心的天真完成签到 ,获得积分10
33秒前
Engen完成签到,获得积分20
33秒前
34秒前
学术小垃圾完成签到,获得积分10
34秒前
dreamwalk完成签到 ,获得积分10
34秒前
黄淮科研小白龙完成签到 ,获得积分10
35秒前
齐嫒琳完成签到,获得积分10
37秒前
研友_Lav0Qn完成签到,获得积分10
37秒前
大橙子发布了新的文献求助10
38秒前
GreenT完成签到,获得积分10
38秒前
鳄鱼队长完成签到,获得积分10
39秒前
Zengyuan完成签到,获得积分10
39秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038157
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575869
关于积分的说明 11373842
捐赠科研通 3305650
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819255
邀请新用户注册赠送积分活动 892655
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022