Small-seq for single-cell small-RNA sequencing

小核仁RNA 计算生物学 小RNA 核糖核酸 生物 小RNA 深度测序 单细胞测序 RNA剪接 非编码RNA 遗传学 基因 基因组 外显子组测序 表型
作者
Michael Hagemann-Jensen,Ilgar Abdullayev,Rickard Sandberg,Omid R. Faridani
出处
期刊:Nature Protocols [Springer Nature]
卷期号:13 (10): 2407-2424 被引量:61
标识
DOI:10.1038/s41596-018-0049-y
摘要

Small RNAs participate in several cellular processes, including splicing, RNA modification, mRNA degradation, and translational arrest. Traditional methods for sequencing small RNAs require a large amount of cell material, limiting the possibilities for single-cell analyses. We describe Small-seq, a ligation-based method that enables the capture, sequencing, and molecular counting of small RNAs from individual mammalian cells. Here, we provide a detailed protocol for this approach that relies on standard reagents and instruments. The standard protocol captures a complex set of small RNAs, including microRNAs (miRNAs), fragments of tRNAs and small nucleolar RNAs (snoRNAs); however, miRNAs can be enriched through the addition of a size-selection step. Ready-to-sequence libraries can be generated in 2-3 d, starting from cell collection, with additional days needed to computationally map the sequence reads and calculate molecular counts.
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