Correlation Analysis of Key Residue Sites between Computational-Aided Design Thermostability d-Amino Acid Oxidase and Ancestral Enzymes

热稳定性 蛋白质设计 蛋白质工程 氨基酸 D 生物催化 生物化学 热稳定性 化学 同系序列 酶动力学 氧化酶试验 蛋白质超家族 立体化学 蛋白质结构 活动站点 催化作用 有机化学 基因 反应机理
作者
Liu‐Yu Wang,Heng Tang,Jin‐Qiao Zhao,Meng‐Nan Wang,Ya‐Ping Xue,Yu‐Guo Zheng
出处
期刊:Journal of Agricultural and Food Chemistry [American Chemical Society]
卷期号:71 (50): 20177-20186 被引量:5
标识
DOI:10.1021/acs.jafc.3c06865
摘要

The d-amino acid oxidase (DAAO) from Rhodotorula taiwanensis has proven to have great potential for applications due to its excellent catalytic kinetic parameters. However, its poor thermal stability has limited its performance in biocatalysis. Herein, starting from the variant SHVG of RtwDAAO, this study employed a comprehensive computational design approach for protein stability engineering, resulting in positive substitutions at specific sites (A43S, T45M, C234L, E195Y). The generated variant combination, SHVG/SMLY, exhibited a significant synergistic effect, leading to an extension of the half-life and Tmapp. The ancestral sequence reconstruction revealed the conservation of the variant sites. The association of the variant sites with the highly stable ancestral enzyme was further explored. After determining the contribution of the variant sites to thermal stability, it was applied to other homologous sequences and validated. Molecular dynamics simulations indicated that the increased hydrophobicity of the variant SHVG/SMLY was a key factor for the increased stability, with strengthened intersubunit interactions playing an important role. In addition, the physical properties of the amino acids themselves were identified as crucial factors for thermal stability generality in homologous enzymes, which is important for the rapid acquisition of a series of stable enzymes.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
4652376完成签到 ,获得积分10
2秒前
无情的幻嫣完成签到,获得积分10
2秒前
3秒前
李小小飞完成签到,获得积分10
4秒前
5秒前
hello完成签到,获得积分10
5秒前
我是老大应助无情的幻嫣采纳,获得10
5秒前
Roman完成签到,获得积分10
6秒前
slin_sjtu发布了新的文献求助10
8秒前
周周发布了新的文献求助20
8秒前
小党完成签到,获得积分10
8秒前
9秒前
昏睡的白桃完成签到,获得积分10
9秒前
小宇OvO发布了新的文献求助10
10秒前
jiaolulu发布了新的文献求助10
14秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
14秒前
真的不想干活了完成签到,获得积分10
14秒前
美丽的依琴完成签到,获得积分10
15秒前
Xin完成签到,获得积分10
21秒前
Aurora.H完成签到,获得积分10
24秒前
24秒前
FashionBoy应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
打打应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
Jasper应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
Ava应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
顾矜应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
上官若男应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
duckspy发布了新的文献求助10
27秒前
27秒前
27秒前
xiaowan完成签到,获得积分10
28秒前
Terry完成签到,获得积分10
29秒前
张张张哈哈哈完成签到,获得积分10
29秒前
Research完成签到 ,获得积分10
29秒前
称心采枫完成签到 ,获得积分0
30秒前
30秒前
新新新新新发顶刊完成签到 ,获得积分10
31秒前
L3完成签到,获得积分10
32秒前
我是科研小能手完成签到,获得积分10
32秒前
风中的小丸子完成签到,获得积分10
33秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038201
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575940
关于积分的说明 11373987
捐赠科研通 3305747
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819274
邀请新用户注册赠送积分活动 892662
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022