Best practices for analysing microbiomes

微生物群 基因组 生物 数据科学 计算生物学 计算机科学 生物信息学 遗传学 基因
作者
Rob Knight,Alison Vrbanac,Bryn C. Taylor,Alexander A. Aksenov,Chris Callewaert,Justine W. Debelius,Antonio González,Tomasz Kościółek,Laura-Isobel McCall,Daniel McDonald,Alexey V. Melnik,James T. Morton,J.I. Navas,Robert A. Quinn,Jon G. Sanders,Austin D. Swafford,Luke Thompson,Anupriya Tripathi,Zhenjiang Zech Xu,Jesse Zaneveld,Qiyun Zhu,J. Gregory Caporaso,Pieter C. Dorrestein
出处
期刊:Nature Reviews Microbiology [Springer Nature]
卷期号:16 (7): 410-422 被引量:1314
标识
DOI:10.1038/s41579-018-0029-9
摘要

Complex microbial communities shape the dynamics of various environments, ranging from the mammalian gastrointestinal tract to the soil. Advances in DNA sequencing technologies and data analysis have provided drastic improvements in microbiome analyses, for example, in taxonomic resolution, false discovery rate control and other properties, over earlier methods. In this Review, we discuss the best practices for performing a microbiome study, including experimental design, choice of molecular analysis technology, methods for data analysis and the integration of multiple omics data sets. We focus on recent findings that suggest that operational taxonomic unit-based analyses should be replaced with new methods that are based on exact sequence variants, methods for integrating metagenomic and metabolomic data, and issues surrounding compositional data analysis, where advances have been particularly rapid. We note that although some of these approaches are new, it is important to keep sight of the classic issues that arise during experimental design and relate to research reproducibility. We describe how keeping these issues in mind allows researchers to obtain more insight from their microbiome data sets.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
1秒前
梓歆发布了新的文献求助10
1秒前
2秒前
舒芙蕾完成签到,获得积分10
2秒前
陈梦鼠发布了新的文献求助10
3秒前
起风了发布了新的文献求助10
3秒前
3秒前
5秒前
5秒前
卓卓完成签到,获得积分10
6秒前
6秒前
明明发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
phw2333发布了新的文献求助20
8秒前
8秒前
陈梦鼠完成签到,获得积分10
9秒前
9秒前
十八发布了新的文献求助10
10秒前
论文小子发布了新的文献求助10
10秒前
tracey完成签到 ,获得积分10
10秒前
司南应助晚晚采纳,获得10
10秒前
ALIN发布了新的文献求助10
10秒前
一鸣完成签到,获得积分10
10秒前
11秒前
陶醉觅夏发布了新的文献求助10
11秒前
12秒前
13秒前
坤坤发布了新的文献求助20
13秒前
领导范儿应助wujun采纳,获得10
14秒前
15秒前
Jinping发布了新的文献求助10
15秒前
yyz应助愉快的千柳采纳,获得10
16秒前
pluto应助小卢同学采纳,获得10
17秒前
ALIN完成签到,获得积分10
17秒前
孝铮发布了新的文献求助10
18秒前
香蕉觅云应助贰陆采纳,获得10
19秒前
cherish发布了新的文献求助10
19秒前
20秒前
化学胖子完成签到,获得积分10
21秒前
21秒前
高分求助中
Kinetics of the Esterification Between 2-[(4-hydroxybutoxy)carbonyl] Benzoic Acid with 1,4-Butanediol: Tetrabutyl Orthotitanate as Catalyst 1000
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Bayesian Models of Cognition:Reverse Engineering the Mind 888
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 568
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
XAFS for Everyone 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3138196
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2789101
关于积分的说明 7790287
捐赠科研通 2445509
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1300476
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 625925
版权声明 601046