Molecular dynamic analyses of the interaction of SARS-CoV-1 or 2 variants with various angiotensin-converting enzyme-2 species

血管紧张素转化酶2 严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2) 分子动力学 冠状病毒 化学 跨膜结构域 2019年冠状病毒病(COVID-19) 跨膜蛋白 受体 生物 病毒学 生物物理学 生物化学 医学 内科学 计算化学 传染病(医学专业) 疾病
作者
Abeer S. Aloufi,Amr Ahmed El‐Arabey,Wafa Ali Eltayb,Rasha Elsayim,Hanin.S. Marenga,Yosra Modafer,Maaweya E. Hamed,Pranab Kishor Mohapatra,Ranjan K. Mohapatra,Mohnad Abdalla
出处
期刊:Journal of Biomolecular Structure & Dynamics [Taylor & Francis]
卷期号:: 1-10 被引量:1
标识
DOI:10.1080/07391102.2024.2314745
摘要

The transmembrane glycoprotein angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) is a key component of the renin-angiotensin system (RAS). It was shown to be the receptor of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in the COVID-19 outbreak (SARS-COV-2). Furthermore, ACE2 aids in the transport of amino acids across the membrane. ACE2 is lost from the membrane, resulting in soluble ACE2 (sACE2). We aim to examine the structural conformation alterations between SARS-CoV-1 or 2 variants at various periods with ACE2 from various sources, particularly in the area where it interacts with the viral protein and the receptor. It is important to study the molecular dynamics of ACE2/SARS-COV RBD when the structure is available on the database. Here we analyzed the crystal structure of ACE2 from Human, Dog, Mus, Cat, and Bat ACE2 in complex with RBD from SARS-COV-1 and SARS-COV-2. The result shows, there is a variation in the type of residues, number of contact atoms and hydrogen bonds in ACE2 and RBD during the interaction interfaces. By using molecular dynamics simulation, we can measure RMSD, RMSF, SASA, Rg and the difference in the percentage of α helix and β strand. As bat ACE2 & SARS-CoV-2 RBD found to have a high amount of β strand compared to another structure complex, while hACE2 & SARS-CoV-1 RBD has fewer amounts of β strand. Our study provides a deep view of the structure which is available and a summary of many works around ACE2/SARS-CoV RBD interaction.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
1秒前
2秒前
gsj发布了新的文献求助10
3秒前
4秒前
所所应助wonder123采纳,获得10
4秒前
5秒前
5秒前
5秒前
田様应助忆茶戏采纳,获得10
5秒前
wss完成签到,获得积分10
6秒前
6秒前
6秒前
song_song发布了新的文献求助10
7秒前
桐桐应助贪玩的野狍子采纳,获得50
7秒前
路小黑发布了新的文献求助10
8秒前
wss发布了新的文献求助10
8秒前
UsihaGuwalgiya完成签到,获得积分10
9秒前
9秒前
10秒前
独特乘云发布了新的文献求助10
10秒前
11秒前
yyyyxxxg完成签到,获得积分10
12秒前
13秒前
健壮的花生zzz完成签到,获得积分10
14秒前
14秒前
Michael-布莱恩特完成签到,获得积分10
15秒前
323431完成签到,获得积分10
16秒前
烟花应助郭小宝采纳,获得10
16秒前
lzx发布了新的文献求助10
17秒前
LJF完成签到,获得积分10
18秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
18秒前
18秒前
古月发布了新的文献求助10
18秒前
麦子发布了新的文献求助10
19秒前
传奇3应助孙传彬采纳,获得10
19秒前
所所应助songvv采纳,获得10
20秒前
Chris完成签到,获得积分10
21秒前
JamesPei应助尊敬寒松采纳,获得10
22秒前
ZYH完成签到 ,获得积分10
22秒前
22秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989444
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531531
关于积分的说明 11254250
捐赠科研通 3270191
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804901
邀请新用户注册赠送积分活动 882105
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809174