A noncoding single-nucleotide polymorphism at 8q24 drives IDH1 -mutant glioma formation

IDH1 异柠檬酸脱氢酶 外显率 胶质瘤 生物 单核苷酸多态性 基因座(遗传学) 等位基因 遗传学 突变体 增强子 核苷酸 癌症研究 基因 转录因子 表型 基因型 生物化学
作者
Connor Yanchus,Kristen L. Drucker,Thomas M. Kollmeyer,Ricky Tsai,Warren Winick‐Ng,Minggao Liang,Ahmad Malik,Judy Pawling,Silvana B. De Lorenzo,Asma Ali,Paul A. Decker,Matt L. Kosel,Arijit Panda,Khalid N. Al‐Zahrani,Lingyan Jiang,Jared Browning,Christopher Lowden,Michael Geuenich,J. Javier Hernández,Jessica Gosio,Musaddeque Ahmed,Sampath K. Loganathan,Jacob M. Berman,Daniel Trcka,Kulandaimanuvel Antony Michealraj,Jérôme Fortin,Brittany B. Carson,Ethan W. Hollingsworth,Sandra Jacinto,Parisa Mazrooei,Lily Zhou,Andrew Elia,Mathieu Lupien,Housheng Hansen He,Daniel J. Murphy,Liguo Wang,Alexej Abyzov,James W. Dennis,Philipp G. Maass,Kieran R. Campbell,Michael D. Wilson,Daniel H. Lachance,Margaret Wrensch,John K. Wiencke,Tak W. Mak,Len A. Pennacchio,Diane E. Dickel,Axel Visel,Jeffrey L. Wrana,Michael D. Taylor,Gelareh Zadeh,Peter B. Dirks,Jeanette E. Eckel‐Passow,Liliana Attisano,Ana Pombo,Cristiane M. Ida,Evgeny Z. Kvon,Robert B. Jenkins,Daniel Schramek
出处
期刊:Science [American Association for the Advancement of Science (AAAS)]
卷期号:378 (6615): 68-78 被引量:26
标识
DOI:10.1126/science.abj2890
摘要

Establishing causal links between inherited polymorphisms and cancer risk is challenging. Here, we focus on the single-nucleotide polymorphism rs55705857, which confers a sixfold greater risk of isocitrate dehydrogenase (IDH)-mutant low-grade glioma (LGG). We reveal that rs55705857 itself is the causal variant and is associated with molecular pathways that drive LGG. Mechanistically, we show that rs55705857 resides within a brain-specific enhancer, where the risk allele disrupts OCT2/4 binding, allowing increased interaction with the Myc promoter and increased Myc expression. Mutating the orthologous mouse rs55705857 locus accelerated tumor development in an Idh1R132H-driven LGG mouse model from 472 to 172 days and increased penetrance from 30% to 75%. Our work reveals mechanisms of the heritable predisposition to lethal glioma in ~40% of LGG patients.
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