Directory of Useful Decoys, Enhanced (DUD-E): Better Ligands and Decoys for Better Benchmarking

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作者
Michael M. Mysinger,Michael Carchia,John J. Irwin,Brian K. Shoichet
出处
期刊:Journal of Medicinal Chemistry [American Chemical Society]
卷期号:55 (14): 6582-6594 被引量:1748
标识
DOI:10.1021/jm300687e
摘要

A key metric to assess molecular docking remains ligand enrichment against challenging decoys. Whereas the directory of useful decoys (DUD) has been widely used, clear areas for optimization have emerged. Here we describe an improved benchmarking set that includes more diverse targets such as GPCRs and ion channels, totaling 102 proteins with 22886 clustered ligands drawn from ChEMBL, each with 50 property-matched decoys drawn from ZINC. To ensure chemotype diversity, we cluster each target's ligands by their Bemis–Murcko atomic frameworks. We add net charge to the matched physicochemical properties and include only the most dissimilar decoys, by topology, from the ligands. An online automated tool (http://decoys.docking.org) generates these improved matched decoys for user-supplied ligands. We test this data set by docking all 102 targets, using the results to improve the balance between ligand desolvation and electrostatics in DOCK 3.6. The complete DUD-E benchmarking set is freely available at http://dude.docking.org.
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