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Dense Neural Network for Calculating Solvation Free Energies from Electronegativity-Equalization Atomic Charges

溶剂化 电负性 化学 人工神经网络 隐溶剂化 离子键合 均衡(音频) 离子 水溶液 极地的 物理化学 物理 有机化学 机器学习 数学 量子力学 计算机科学 算法 解码方法
作者
Sergei F. Vyboishchikov
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:63 (20): 6283-6292 被引量:1
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.3c00922
摘要

I propose a dense Neural Network for evaluation of solvation free energies ΔG°solv for molecules and ions in water and nonaqueous solvents, Easy Solvation Energy with Electronegativity Equalization charges and Dense Neural Network (ESE-EE-DNN). As input features, it uses the Conductor-like Screening Model (COSMO) electrostatic energy, atomic cavity surface areas, total cavity volume, and induced surface charges. For the COSMO calculation, electronegativity-equalization atomic charges are employed. ESE-EE-DNN exhibits fairly high accuracy, similar or even superior to that of mainstream density functional theory-based methods. For neutral solutes in water, polar protic, polar aprotic, and nonpolar solvents, ESE-EE-DNN yields a root-mean-square error (RMSE) of 1.25, 1.36, 0.70, and 0.71 kcal/mol, respectively. ESE-EE-DNN is particularly advantageous for ionic solutes, with an RMSE of 2.82 and 1.42 kcal/mol for aqueous and nonaqueous ion solutions, correspondingly. ESE-EE-DNN is very efficient due to a fast evaluation of the electronegativity-equalization charges.

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