Molecular Descriptors in Chemoinformatics, Computational Combinatorial Chemistry, and Virtual Screening

化学信息学 虚拟筛选 分子描述符 计算机科学 直觉 药物发现 机器学习 背景(考古学) 人工智能 数量结构-活动关系 数据挖掘 化学 计算化学 生物 古生物学 生物化学 哲学 认识论
作者
Liang Xue,Jürgen Bajorath
出处
期刊:Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening [Bentham Science]
卷期号:3 (5): 363-372 被引量:174
标识
DOI:10.2174/1386207003331454
摘要

Many contemporary applications in computer-aided drug discovery and chemoinformatics depend on representations of molecules by descriptors that capture their structural characteristics and properties. Such applications include, among others, diversity analysis, library design, and virtual screening. Hundreds of molecular descriptors have been reported in the literature, ranging from simple bulk properties to elaborate three-dimensional formulations and complex molecular fingerprints, which sometimes consist of thousands of bit positions. Knowledge-based selection of descriptors that are suitable for specific applications is an important task in chemoinformatics research. If descriptors are to be selected on rational grounds, rather than guesses or chemical intuition, detailed evaluation of their performance is required. A number of studies have been reported that investigate the performance of molecular descriptors in specific applications and/or introduce novel types of descriptors. Progress made in this area is reviewed here in the context of other computational developments in combinatorial chemistry and compound screening.
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