Rapid identification of Atlantic salmon (Salmo salar) based on loop-mediated isothermal amplification (LAMP) using self-quenching fluorogenic approach

环介导等温扩增 猝灭(荧光) 底漆(化妆品) 荧光团 DNA 放大器 DNA提取 化学 分子生物学 色谱法 萨尔莫 荧光 生物 聚合酶链反应 基因 生物化学 物理 光学 有机化学 渔业
作者
Qiuping Li,Yinghao Cheng,Wenjie Xu,Xiaowen Cui,Min Cao,Xiaohui Xiong,Libin Wang,Xiong Xiong
出处
期刊:Journal of Food Composition and Analysis [Elsevier BV]
卷期号:105: 104224-104224 被引量:15
标识
DOI:10.1016/j.jfca.2021.104224
摘要

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has emerged as an important diagnostic tool for fish authenticity purpose. While the sequence-independent detection methods greatly increased the likelihood of detecting false-positive signals. Instead, target-specific detection of LAMP amplicons can be achieved through the use of target-specific probes or modified primers as biorecognition elements. The present work selected Salmo salar as a case study, and developed a novel LAMP assay coupled with the self-quenching approach for accurate species identification. Specifically, the loop primer (LB-6) was identified as the candidate primer to design the self-quenching element. The fluorophore attached to LB-6 is self-quenched in unbound state. After binding to the dumb bell shaped DNA specifically, the FAM fluorophore is de-quenched, resulting in the fluorescence release. With the novel assay, as little as 5 pg of S. salar DNA could be detected. Moreover, the self-quenching assay embraces a high tolerance to impurities and the positive LAMP results can always be obtained, regardless of the DNA extraction methods and sample treatments. While significant difference with the Ct value according to both the extraction methods and sample treatments, highlighted also an improved LAMP amplification using DNA with higher purity.
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