Selection and implementation of single nucleotide polymorphism markers for parentage analysis in crossbred cattle population

杂交 单核苷酸多态性 生物 陛下 人口 次等位基因频率 基因分型 遗传学 SNP公司 系谱图 等位基因频率 SNP基因分型 选择(遗传算法) 等位基因 基因型 动物科学 计算机科学 医学 基因 环境卫生 人工智能
作者
Lirong Hu,Dan Li,Qing Chu,Y.C. Wang,Lei Zhou,Ying Yu,Y. Zhang,S.L. Zhang,Τahir Usman,Zhenquan Xie,Si-Jia Hou,L. Liu,Wanhai Shi
出处
期刊:Animal [Elsevier]
卷期号:15 (1): 100066-100066 被引量:4
标识
DOI:10.1016/j.animal.2020.100066
摘要

Crossbreeding is an essential way of improving herd performance. However, frequent parentage record errors appear, which results in the lower accuracy of genetic parameter estimation and genetic evaluation. This study aims to build a single nucleotide polymorphism (SNP) panel with sufficient power for parentage testing in the crossbred population of Simmental and Holstein cattle. The direct sequencing technique in PCR products of pooling DNA along with matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight MS method for genotyping the individuals was applied. A panel comprising 50 highly informative SNPs for parentage analysis was developed in the crossbred population. The average minor allele frequency for SNPs was 0.43, and the cumulative probability of exclusion for single-parent and both-parent inference met 0.99797 and 0.999999, respectively. The maker-set for parentage verification was then used in a group of 81 trios with aid of the likelihood-based parentage-assignment program of Cervus software. Reconfirmation with on-farm records showed that this 50-SNP system could provide sufficient and reliable information for parentage testing with the parental errors for mother–offspring and sire–offspring being 8.6 and 18.5%, respectively. In conclusion, a set of low-cost and efficient SNPs for the paternity testing in the Simmental and Holstein crossbred population are provided.
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