Identification of ceRNA-vsiRNA-mRNA network for exploring the mechanism underlying pathogenesis of sugarcane mosaic virus in resistant and susceptible maize inbred lines

竞争性内源性RNA 生物 转录组 小RNA 遗传学 核糖核酸 基因沉默 环状RNA 基因 近交系 机制(生物学) 计算生物学 长非编码RNA 病毒学 基因表达 哲学 认识论
作者
Xinran Gao,Kaiqiang Hao,Zhichao Du,Sijia Zhang,Zhiping Wang,Mengnan An,Zihao Xia,Yuanhua Wu
出处
期刊:Phytopathology research [BioMed Central]
卷期号:5 (1)
标识
DOI:10.1186/s42483-023-00216-7
摘要

Abstract RNA silencing plays an important role in plant antiviral responses, which trigger the production of virus-derived small interfering RNAs (vsiRNAs). The competing endogenous RNA (ceRNA) hypothesis revealed a unique mechanism in which circular RNAs (circRNAs) and long non-coding RNAs (lncRNAs) can interact with small RNAs to regulate the expression of corresponding target mRNAs. Sugarcane mosaic virus (SCMV) infection causes severe economic losses in maize ( Zea mays L.) production worldwide. This study compared and analyzed characteristics of vsiRNAs derived from SCMV and their target genes in resistant (Chang7-2) and susceptible (Mo17) maize inbred lines through whole-transcriptome RNA sequencing and degradome sequencing. The results showed that 706 transcripts were targeted by 204 vsiRNAs, including 784 vsiRNA-target gene pairs. Furthermore, ceRNA networks of circRNA/lncRNA-vsiRNA-mRNA in response of maize to SCMV infection were obtained, including 3 differentially expressed (DE) circRNAs, 36 DElncRNAs, 105 vsiRNAs, and 342 DEmRNAs in Mo17 plants, and 3 DEcircRNAs, 35 DElncRNAs, 23 vsiRNAs, and 87 DEmRNAs in Chang7-2 plants. Our results also showed that the transcripts of ZmDCLs , ZmAGOs , and ZmRDRs were differentially accumulated in resistant and susceptible maize inbred lines after SCMV infection. These findings provide valuable insights into the relationship between SCMV-derived vsiRNAs and potential ceRNAs fine-tuning the SCMV-maize interaction and offer novel clues to reveal the mechanism underlying the pathogenesis of SCMV.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
2秒前
传奇3应助Xw采纳,获得10
3秒前
4秒前
4秒前
别闹闹发布了新的文献求助10
7秒前
幸运星发布了新的文献求助10
7秒前
CipherSage应助mark采纳,获得10
9秒前
pluto应助从容的香菇采纳,获得10
9秒前
科研通AI5应助cccyq采纳,获得10
10秒前
科研狗完成签到,获得积分10
12秒前
英俊的铭应助gs19960828采纳,获得10
13秒前
MrTStar完成签到 ,获得积分10
15秒前
淡定的惜完成签到,获得积分20
18秒前
完美世界应助fengliurencai采纳,获得10
23秒前
思源应助大面包采纳,获得10
24秒前
sandra完成签到 ,获得积分10
25秒前
iris601完成签到,获得积分10
27秒前
时笙发布了新的文献求助30
29秒前
温柔的迎荷完成签到,获得积分10
31秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
33秒前
34秒前
34秒前
传奇3应助快乐一江采纳,获得10
35秒前
传统的纸飞机完成签到 ,获得积分10
35秒前
35秒前
35秒前
王子安应助lilila666采纳,获得10
37秒前
大面包发布了新的文献求助10
38秒前
情怀应助漫山采纳,获得10
39秒前
zzz完成签到,获得积分10
40秒前
gs19960828发布了新的文献求助10
41秒前
幸福大白发布了新的文献求助30
41秒前
脑洞疼应助jbhb采纳,获得10
45秒前
45秒前
gs19960828完成签到,获得积分10
46秒前
Younglee完成签到,获得积分10
50秒前
50秒前
xiaoxuan完成签到,获得积分10
51秒前
52秒前
Garnieta完成签到,获得积分10
53秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
‘Unruly’ Children: Historical Fieldnotes and Learning Morality in a Taiwan Village (New Departures in Anthropology) 400
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
基于可调谐半导体激光吸收光谱技术泄漏气体检测系统的研究 350
Robot-supported joining of reinforcement textiles with one-sided sewing heads 320
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3989406
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3531522
关于积分的说明 11254187
捐赠科研通 3270174
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1804901
邀请新用户注册赠送积分活动 882105
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 809174