[Identification of pathogens in the vitreous of patients with infectious uveitis by metagenomic sequencing].

基因组 DNA测序 生物 深度测序 聚合酶链反应 计算生物学 医学 基因组 遗传学 DNA 基因
作者
M X Zhang,Xiaoyan Peng,Feng Hu,Zhenyu Wei,Xinxin Lu,Qingfeng Liang
出处
期刊:PubMed 卷期号:56 (7): 519-523 被引量:3
标识
DOI:10.3760/cma.j.cn112142-20190711-00371
摘要

Objective: To investigate the role of metagenomic sequencing in the diagnosis of infectious uveitis. Methods: Cross-sectional study. A total of 19 vitreous specimens of patients with suspected infectious uveitis from March 2016 to July 2018 in Beijing Tongren Hospital were collected, including 8 males and 11 females, 19 to 68 years old. There were 10 cases in the right eye, 8 cases in the left eye and 1 case in both eyes. Acute retinal necrosis was clinically diagnosed in 8 patients (9 eyes), and the diagnosis was unknown in 11 patients (11 eyes). About 1 ml of the vitreous fluid was reserved for each specimen, 800 μl for metagenomic sequencing and 200 μl for real-time fluorescence quantitative PCR verification. The TIANamp Micro DNA Kit was used to extract the sample DNA for metagenomic sequencing, and the ultrasonic fragment was broken to 200-300 bp. The BGISEQ-500 platform was used for sequencing. The data with low quality and length less than 35 bp were cleared from the sequencing data to obtain high-quality data. Through biological authentication software, the reference human genome sequence and low complexity were removed from high-quality data. The data obtained were compared with a special microorganism database regarding the percentage of microbial sequences, the number of unique sequences, coverage and sequencing depth, so as to determine positive sequencing parameters, which were classified into bacteria, viruses, fungi and parasites. Real-time fluorescence quantitative PCR was performed to validate the accuracy. Results: A variety of microorganisms were detected by metagenomic sequencing in 19 specimens, including 3 cases of varicella zoster virus, 2 cases of Candida albicans, 1 case of Propionibacterium acnes and 1 case of Haemophilus parainfluenzae. The percentage of microbial sequences was 77.93% (1 794/2 302), 99.98% (12 843/12 845) and 98.88%(5 733/5 798), and the number of unique sequences was 1 794, 12 843 and 57 33 in varicella zoster virus cases, respectively. The verification of varicella zoster virus by PCR was consistent with that by metagenomic sequencing. Conclusion: Metagenomic sequencing can be used as an alternative method for laboratory diagnosis of infectious uveitis. (Chin J Ophthalmol, 2020, 56: 519-523).目的: 探讨宏基因组测序(MGS)技术在感染性葡萄膜炎诊断中的作用。 方法: 横断面研究。对2016年3月至2018年7月首都医科大学附属北京同仁医院临床疑诊为感染性葡萄膜炎的19例患者的19份玻璃体标本进行MGS检测。患者中男性8例,女性11例,年龄19~68岁;右眼10例,左眼8例,双眼1例;临床诊断急性视网膜坏死8例(9只眼),诊断不明11例(11只眼)。每份标本留取玻璃体约1 ml,800 μl标本用于MGS,200 μl标本用于实时荧光定量PCR的验证实验。MGS使用TIANamp Micro DNA Kit试剂盒提取样本DNA,BGISEQ-500平台测序。将测序数据中低质量和长度小于35 bp的数据、人类参考基因组序列及低复杂度序列去除后,获得的数据与专用微生物数据库比对分析,通过统计对比序列数占比、唯一序列数、覆盖率、测序深度等参数确定测序阳性结果,使用实时荧光定量PCR方法对上述结果准确性进行验证。 结果: 19份标本MGS检出多种微生物,7份测序结果为阳性。其中3份为水痘-带状疱疹病毒、2份为白念珠菌、1份为痤疮丙酸杆菌、1份为副流感嗜血杆菌。3份水痘-带状疱疹病毒标本检出的序列数占比分别为77.93%(1 794/2 302)、99.98%(12 843/12 845)、98.88%(5 733/5 798),唯一序列数分别为1 794、12 843、5 733条;实时荧光定量PCR验证结果显示此3份标本水痘-带状疱疹病毒载量均较高,与MGS结果一致。 结论: MGS可作为感染性葡萄膜炎实验室诊断方法的一种选择。(中华眼科杂志,2020,56:519-523).
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
文静的天蓝完成签到,获得积分10
刚刚
tszjw168完成签到 ,获得积分10
1秒前
手打鱼丸完成签到 ,获得积分10
2秒前
体贴凌柏发布了新的文献求助10
2秒前
开心快乐发大财完成签到,获得积分10
4秒前
萌萌哒完成签到,获得积分10
4秒前
小龅牙吖完成签到,获得积分10
4秒前
Propitious完成签到,获得积分10
5秒前
徐先生1106完成签到,获得积分10
5秒前
Epiphany完成签到,获得积分10
6秒前
舒心的久完成签到 ,获得积分10
6秒前
闻巷雨完成签到 ,获得积分10
8秒前
北风完成签到,获得积分10
9秒前
xliiii完成签到,获得积分10
9秒前
时光倒流的鱼完成签到,获得积分10
10秒前
LL完成签到,获得积分10
10秒前
李李完成签到,获得积分20
10秒前
雨无意完成签到,获得积分10
11秒前
盛宇大天才完成签到,获得积分10
13秒前
游戏人间完成签到 ,获得积分10
14秒前
15秒前
科研通AI5应助淡淡的忆彤采纳,获得10
15秒前
早日毕业完成签到,获得积分10
15秒前
Billie完成签到,获得积分10
16秒前
积极行天完成签到,获得积分10
16秒前
98完成签到,获得积分10
17秒前
nkmenghan完成签到,获得积分20
18秒前
韶邑完成签到,获得积分10
18秒前
penzer完成签到 ,获得积分10
19秒前
suwan完成签到,获得积分10
20秒前
张瀚文完成签到 ,获得积分10
23秒前
不吃香菜完成签到 ,获得积分10
25秒前
何日完成签到,获得积分10
27秒前
明天完成签到,获得积分10
27秒前
rrrick完成签到,获得积分10
27秒前
XF发布了新的文献求助10
28秒前
结实乐曲完成签到,获得积分10
28秒前
28秒前
29秒前
顺利紫山完成签到,获得积分10
30秒前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038303
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3576013
关于积分的说明 11374210
捐赠科研通 3305780
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819322
邀请新用户注册赠送积分活动 892672
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815029