Toward a Universal Unit for Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples

生物 抗生素耐药性 基因 可比性 计算生物学 人类健康 拷贝数变化 基因组 遗传学 生物技术 抗生素 医学 环境卫生 数学 组合数学
作者
Xiaole Yin,Xi Chen,Xiaotao Jiang,Yongqiang Yang,Bing Li,Marcus Ho-Hin Shum,Tommy Tsan‐Yuk Lam,GM Leung,Joan B. Rose,Concepcion Sanchez-Cid,Timothy M. Vogel,Fiona Walsh,Thomas U. Berendonk,Janet Midega,Chibuzor Uchea,Dominic Frigon,Gerard D. Wright,Cornelius Carlos Bezuidenhout,Renata Cristina Picão,Shaikh Ziauddin Ahammad,Per Halkjær Nielsen,Philip Hugenholtz,Nicholas J. Ashbolt,Gianluca Corno,Despo Fatta‐Kassinos,Helmut Bürgmann,Heike Schmitt,Chang‐Jun Cha,Amy Pruden,Kornelia Smalla,Eddie Cytryn,Yu Zhang,Min Yang,Yong‐Guan Zhu,Arnaud Dechesne,Barth F. Smets,David W. Graham,Michael R. Gillings,William H. Gaze,Célia M. Manaia,Mark C.M. van Loosdrecht,Pedro J. J. Alvarez,Martin J. Blaser,James M. Tiedje,Edward Topp,Tong Zhang
出处
期刊:Environmental Science & Technology [American Chemical Society]
卷期号:57 (26): 9713-9721 被引量:44
标识
DOI:10.1021/acs.est.3c00159
摘要

Surveillance of antibiotic resistance genes (ARGs) has been increasingly conducted in environmental sectors to complement the surveys in human and animal sectors under the "One-Health" framework. However, there are substantial challenges in comparing and synthesizing the results of multiple studies that employ different test methods and approaches in bioinformatic analysis. In this article, we consider the commonly used quantification units (ARG copy per cell, ARG copy per genome, ARG density, ARG copy per 16S rRNA gene, RPKM, coverage, PPM, etc.) for profiling ARGs and suggest a universal unit (ARG copy per cell) for reporting such biological measurements of samples and improving the comparability of different surveillance efforts.
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