团头鲂 Hox 基因家族的鉴定、进化与表达分析

为探究团头鲂Hox的分布、进化及表达调控，实验基于团头鲂全基因组数据，结合生物信息学分析方法对Hox基因家族进行鉴定、染色体分布、系统进化和表达分析。结果显示，团头鲂基因组中鉴定有49个Hox，根据系统进化树聚集为5个亚类；49个Hox分属于7个基因连锁群(HoxAa、HoxAb、HoxBa、HoxBb、HoxCa、HoxCb和HoxDa)，并且不均匀地分布在5条染色体上；团头鲂Hox基因家族成员具有不同的表达模式，在肌肉中的表达水平与斑马鱼所有Hox的表达存在显著差异；团头鲂不同发育阶段及不同组织的转录组结果显示，在HoxA基因群中，HoxA2a和HoxA3a在幼鱼阶段高表达，其他基因在肌肉、肌间刺及结缔组织中表达量低甚至不表达；HoxB基因群中，HoxB9a、HoxB3a、HoxB8a、HoxB1b、HoxB5a和HoxB5b在幼鱼阶段高表达，HoxB7a、HoxB10a和HoxB9a在成鱼肌肉、结缔组织及肌间刺中高表达；HoxC基因群中，HoxC3a和HoxC4a在幼鱼阶段高表达，HoxC3a和HoxC8a在成鱼的3个组织都有表达；HoxD基因群中，HoxD9a、HoxD10a和HoxD11a在胚胎S2期表达量较高。研究表明，Hox在团头鲂早期胚胎时期和肌间刺的形成中有表达，提示团头鲂肌间刺的形成可能受Hox基因家族调控。