Krait: an ultrafast tool for genome-wide survey of microsatellites and primer design

微卫星 Python(编程语言) 底漆(化妆品) 生物 基因组 人口 计算生物学 计算机科学 遗传学 程序设计语言 基因 社会学 人口学 有机化学 等位基因 化学
作者
Lianming Du,Chi Zhang,Qin Liu,Xiuyue Zhang,Bisong Yue
出处
期刊:Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:34 (4): 681-683 被引量:155
标识
DOI:10.1093/bioinformatics/btx665
摘要

Microsatellites are found to be related with various diseases and widely used in population genetics as genetic markers. However, it remains a challenge to identify microsatellite from large genome and screen microsatellites for primer design from a huge result dataset. Here, we present Krait, a robust and flexible tool for fast investigation of microsatellites in DNA sequences. Krait is designed to identify all types of perfect or imperfect microsatellites on a whole genomic sequence, and is also applicable to identification of compound microsatellites. Primer3 was seamlessly integrated into Krait so that users can design primer for microsatellite amplification in an efficient way. Additionally, Krait can export microsatellite results in FASTA or GFF3 format for further analysis and generate statistical report as well as plotting.Krait is freely available at https://github.com/lmdu/krait under GPL2 License, implemented in C and Python, and supported on Windows, Linux and Mac operating systems.chizhang_swmu@126.com.Supplementary data are available at Bioinformatics online.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
脑洞疼应助个性白山采纳,获得10
刚刚
larrry完成签到,获得积分20
1秒前
Draeck发布了新的文献求助10
3秒前
丘比特应助薛定谔的猫采纳,获得10
3秒前
kirirto发布了新的文献求助30
3秒前
圈儿完成签到,获得积分10
4秒前
在水一方应助Nature采纳,获得10
4秒前
小班完成签到,获得积分10
5秒前
5秒前
老板娘完成签到,获得积分10
6秒前
赘婿应助liuguohua126采纳,获得10
8秒前
8秒前
8秒前
8秒前
Draeck完成签到,获得积分10
11秒前
12秒前
zyr完成签到 ,获得积分10
12秒前
DJ发布了新的文献求助10
12秒前
12秒前
JasonTrue完成签到,获得积分10
13秒前
15秒前
str1ngs发布了新的文献求助10
17秒前
南宫若翠发布了新的文献求助10
17秒前
19秒前
活泼饼干完成签到,获得积分10
22秒前
gratitude完成签到,获得积分10
23秒前
在水一方应助树池采纳,获得10
25秒前
25秒前
25秒前
masonzhang发布了新的文献求助20
26秒前
所所应助南宫若翠采纳,获得10
26秒前
六六完成签到 ,获得积分10
27秒前
27秒前
28秒前
老牛鼓励看文献完成签到,获得积分10
29秒前
DJ完成签到,获得积分10
29秒前
29秒前
v小飞侠101发布了新的文献求助10
30秒前
30秒前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2800
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Bayesian Models of Cognition:Reverse Engineering the Mind 888
The SAGE Handbook of Qualitative Research 800
Le dégorgement réflexe des Acridiens 800
Defense against predation 800
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3135113
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2786095
关于积分的说明 7775189
捐赠科研通 2441915
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1298256
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 625108
版权声明 600839