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Uncovering genetic mechanisms of hypertension through multi-omic analysis of the kidney

全基因组关联研究 生物 孟德尔随机化 遗传学 遗传关联 候选基因 生物信息学 基因 单核苷酸多态性 基因型 遗传变异
作者
James Eales,Xiao Jiang,Xiaoguang Xu,Sushant Saluja,Artur Akbarov,Eddie Cano-Gamez,Michelle Mcnulty,Chris Finan,Hui Guo,Wojciech Wystrychowski,Monika Szulińska,Huw B. Thomas,Sanjeev Pramanik,Sandesh Chopade,Priscilla R. Prestes,Ingrid Wise,Εvangelos Εvangelou,Mahan Salehi,Yusif Shakanti,Mikael Ekholm,Matthew Denniff,Alicja Nazgiewicz,Felix Eichinger,Bradley Godfrey,Andrzej Antczak,Maciej Głyda,Robert Król,Stephen Eyre,Jason L. Brown,Carlo Berzuini,John Bowes,Mark J. Caulfield,E Zukowska-Szczechowska,Joanna Żywiec,Paweł Bogdański,Matthias Kretzler,Adrian S. Woolf,David Talavera,Bernard Keavney,Pasquale Maffia,Tomasz J. Guzik,Raymond T. O’Keefe,Gosia Trynka,Nilesh J. Samani,Aroon D. Hingorani,Matthew G. Sampson,Andrew P. Morris,Fadi J. Charchar,Maciej Tomaszewski
出处
期刊:Nature Genetics [Springer Nature]
卷期号:53 (5): 630-637 被引量:45
标识
DOI:10.1038/s41588-021-00835-w
摘要

The kidney is an organ of key relevance to blood pressure (BP) regulation, hypertension and antihypertensive treatment. However, genetically mediated renal mechanisms underlying susceptibility to hypertension remain poorly understood. We integrated genotype, gene expression, alternative splicing and DNA methylation profiles of up to 430 human kidneys to characterize the effects of BP index variants from genome-wide association studies (GWASs) on renal transcriptome and epigenome. We uncovered kidney targets for 479 (58.3%) BP-GWAS variants and paired 49 BP-GWAS kidney genes with 210 licensed drugs. Our colocalization and Mendelian randomization analyses identified 179 unique kidney genes with evidence of putatively causal effects on BP. Through Mendelian randomization, we also uncovered effects of BP on renal outcomes commonly affecting patients with hypertension. Collectively, our studies identified genetic variants, kidney genes, molecular mechanisms and biological pathways of key relevance to the genetic regulation of BP and inherited susceptibility to hypertension. Gene expression, alternative splicing and DNA methylation profiles from human kidney samples provide insights into the effects of common variants influencing blood pressure. Mendelian randomization uncovers the effects of blood pressure on renal outcomes.
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