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Mining for encrypted peptide antibiotics in the human proteome

抗菌肽 抗生素 抗菌剂 生物 蛋白质组 细菌 微生物学 计算生物学 致病菌 功能(生物学) 体外 药物发现 生物信息学 生物化学 细胞生物学 遗传学
作者
Marcelo D. T. Torres,Marcelo C. R. Melo,Orlando Crescenzi,Eugenio Notomista,César de la Fuente‐Núñez
出处
期刊:Nature Biomedical Engineering [Springer Nature]
卷期号:6 (1): 67-75 被引量:95
标识
DOI:10.1038/s41551-021-00801-1
摘要

The emergence of drug-resistant bacteria calls for the discovery of new antibiotics. Yet, for decades, traditional discovery strategies have not yielded new classes of antimicrobial. Here, by mining the human proteome via an algorithm that relies on the sequence length, net charge, average hydrophobicity and other physicochemical properties of antimicrobial peptides, we report the identification of 2,603 encrypted peptide antibiotics that are encoded in proteins with biological function unrelated to the immune system. We show that the encrypted peptides kill pathogenic bacteria by targeting their membrane, modulate gut and skin commensals, do not readily select for bacterial resistance, and possess anti-infective activity in skin abscess and thigh infection mouse models. We also show, in vitro and in the two mouse models of infection, that encrypted antibiotic peptides from the same biogeographical area display synergistic antimicrobial activity. Our algorithmic strategy allows for the rapid mining of proteomic data and opens up new routes for the discovery of candidate antibiotics.
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