PowerCore: a program applying the advanced M strategy with a heuristic search for establishing core sets

可执行文件 计算机科学 启发式 软件 冗余(工程) 芯(光纤) 集合(抽象数据类型) 数据挖掘 程序设计语言 操作系统 人工智能 电信
作者
Kyu‐Won Kim,Hun‐Ki Chung,Gyu‐Taek Cho,Kyung‐Ho Ma,Dorothy Chandrabalan,Jae‐Gyun Gwag,Tae‐San Kim,Eun-Gi Cho,Yong‐Jin Park
出处
期刊:Bioinformatics [Oxford University Press]
卷期号:23 (16): 2155-2162 被引量:245
标识
DOI:10.1093/bioinformatics/btm313
摘要

Abstract Motivation: Core sets are necessary to ensure that access to useful alleles or characteristics retained in genebanks is guaranteed. We have successfully developed a computational tool named ‘PowerCore’ that aims to support the development of core sets by reducing the redundancy of useful alleles and thus enhancing their richness. Results: The program, using a new approach completely different from any other previous methodologies, selects entries of core sets by the advanced M (maximization) strategy implemented through a modified heuristic algorithm. The developed core set has been validated to retain all characteristics for qualitative traits and all classes for quantitative ones. PowerCore effectively selected the accessions with higher diversity representing the entire coverage of variables and gave a 100% reproducible list of entries whenever repeated. Availability: PowerCore software uses the .NET Framework Version 1.1 environment which is freely available for the MS Windows platform. The files can be downloaded from http://genebank.rda.go.kr/powercore/. The distribution of the package includes executable programs, sample data and a user manual. Contact: yjpark@rda.go.kr
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