A study of allelic diversity underlying flowering-time adaptation in maize landraces

生物 单核苷酸多态性 驯化 等位基因 遗传学 适应(眼睛) 核苷酸多样性 遗传变异 高度(三角形) 遗传多样性 关联映射 进化生物学 基因 基因型 单倍型 人口 社会学 人口学 数学 神经科学 几何学
作者
J. Alberto Romero Navarro,Martha C. Willcox,Juan Burgueño,M. Cinta Romay,Kelly Swarts,Samuel Trachsel,Ernesto Preciado,Arturo Terrón,Humberto Vallejo Delgado,Victor Vidal,Alejandro Beltr n Ortega,Armando Espinoza Banda,Noel Orlando Gómez Montiel,Iván Ortiz‐Monasterio,Félix San Vicente,Armando Guadarrama Espinoza,G. N. Atlin,Peter Wenzl,Sarah Hearne,Edward S. Buckler
出处
期刊:Nature Genetics [Nature Portfolio]
卷期号:49 (3): 476-480 被引量:290
标识
DOI:10.1038/ng.3784
摘要

Landraces (traditional varieties) of domesticated species preserve useful genetic variation, yet they remain untapped due to the genetic linkage between the few useful alleles and hundreds of undesirable alleles. We integrated two approaches to characterize the diversity of 4,471 maize landraces. First, we mapped genomic regions controlling latitudinal and altitudinal adaptation and identified 1,498 genes. Second, we used F-one association mapping (FOAM) to map the genes that control flowering time, across 22 environments, and identified 1,005 genes. In total, we found that 61.4% of the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with altitude were also associated with flowering time. More than half of the SNPs associated with altitude were within large structural variants (inversions, centromeres and pericentromeric regions). The combined mapping results indicate that although floral regulatory network genes contribute substantially to field variation, over 90% of the contributing genes probably have indirect effects. Our dual strategy can be used to harness the landrace diversity of plants and animals.
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