RNA Sequencing and Analysis

核糖核酸 RNA序列 计算生物学 转录组 聚腺苷酸 生物 非编码RNA 小RNA 转录后修饰 RNA编辑 基因 基因表达 遗传学
作者
Kimberly R. Kukurba,Stephen B. Montgomery
出处
期刊:CSH Protocols [Cold Spring Harbor Laboratory]
卷期号:2015 (11): pdb.top084970-pdb.top084970 被引量:711
标识
DOI:10.1101/pdb.top084970
摘要

RNA sequencing (RNA-Seq) uses the capabilities of high-throughput sequencing methods to provide insight into the transcriptome of a cell. Compared to previous Sanger sequencing- and microarray-based methods, RNA-Seq provides far higher coverage and greater resolution of the dynamic nature of the transcriptome. Beyond quantifying gene expression, the data generated by RNA-Seq facilitate the discovery of novel transcripts, identification of alternatively spliced genes, and detection of allele-specific expression. Recent advances in the RNA-Seq workflow, from sample preparation to library construction to data analysis, have enabled researchers to further elucidate the functional complexity of the transcription. In addition to polyadenylated messenger RNA (mRNA) transcripts, RNA-Seq can be applied to investigate different populations of RNA, including total RNA, pre-mRNA, and noncoding RNA, such as microRNA and long ncRNA. This article provides an introduction to RNA-Seq methods, including applications, experimental design, and technical challenges.
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