Insight into gene expression associated with DNA methylation and small RNA in the rhizome-root system of Moso bamboo

根茎 毛竹 生物 竹子 表观遗传学 DNA甲基化 分生组织 基因表达 植物 基因 转座因子 开枪 遗传学 基因组
作者
Feihu Xi,Zeyu Zhang,Lin Wu,Baijie Wang,Pengfei Gao,Kai Chen,Liangzhen Zhao,Jian Gao,Lianfeng Gu,Hangxiao Zhang
出处
期刊:International Journal of Biological Macromolecules [Elsevier]
卷期号:248: 125921-125921 被引量:2
标识
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2023.125921
摘要

Moso bamboo (Phyllostachys edulis), typically a monopodial scattering bamboo, is famous for its rapid growth. The rhizome-root system of Moso bamboo plays a crucial role in its clonal growth and spatial distribution. However, few studies have focused on rhizome-root systems. Here we collected LBs, RTs, and RGFNSs, the most important parts of the rhizome-root system, to study the molecular basis of the rapid growth of Moso bamboo due to epigenetic changes, such as DNA modifications and small RNAs. The angle of the shoot apical meristem of LB gradually decreased with increasing distance from the mother plant, and the methylation levels of LB were much higher than those of RT and RGFNS. 24 nt small RNAs and mCHH exhibited similar distribution patterns in transposable elements, suggesting a potential association between these components. The miRNA abundance of LB gradually increased with increasing distance from the mother plant, and a negative correlation was observed between gene expression levels and mCG and mCHG levels in the gene body. This study paves the way for further exploring the effects of epigenetic factors on the physiology of Moso bamboo.
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