Non-Heading Chinese Cabbage Database: An Open-Access Platform for the Genomics of Brassica campestris (syn. Brassica rapa) ssp. chinensis

基因组 油菜 芸苔属 生物 基因组学 航向(导航) 基因组浏览器 比较基因组学 同步 遗传学 参考基因组 基因 计算生物学 植物 地理 大地测量学
作者
Zhidong Li,Ying Li,Xilin Hou,Changwei Zhang,Dong Xiao,Xilin Hou
出处
期刊:Plants [MDPI AG]
卷期号:11 (8): 1005-1005 被引量:7
标识
DOI:10.3390/plants11081005
摘要

The availability of a high-quality genome sequence of Brassica campestris ssp. chinensis NHCC001 has paved the way for deep mining of genome data. We used the B. campestris NHCC001 draft genome to develop a comprehensive database, known as the non-heading Chinese cabbage database, which provides access to the B. campestris NHCC001 genome data. The database provides 127,347 SSR, from which 382,041 pairs of primers were designed. NHCCDB contains information on 105,360 genes, which were further classified into 63 transcription factor families. Furthermore, NHCCDB provides eight kinds of tools for biological or sequencing data analyses, including sequence alignment tools, functional genomics tools, comparative genomics tools, motif analysis tools, genome browser, primer design, and SSR analysis tools. In addition, eight kinds of graphs, including a box plot, Venn diagram, corrplot, Q-Q plot, Manhattan plot, seqLogo, volcano plot, and a heatmap, can be generated rapidly using NHCCDB. We have incorporated a search system for efficient mining of transcription factors and genes, along with an embedded data submit function in NHCCDB. We believe that the NHCCDB database will be a useful platform for non-heading Chinese cabbage research and breeding.
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