Chromosomal-level genome assembly of the orchid tree Bauhinia variegata (Leguminosae; Cercidoideae) supports the allotetraploid origin hypothesis of Bauhinia

生物 紫荆 同步 基因组 系统发育树 植物 进化生物学 遗传学 基因
作者
Yan Zhong,Yong Chen,Danjing Zheng,Jingyi Pang,Ying Liu,Shukai Luo,Shiyuan Meng,Qian Lei,Dan Wei,Seping Dai,Renchao Zhou
出处
期刊:DNA Research [Oxford University Press]
卷期号:29 (2) 被引量:8
标识
DOI:10.1093/dnares/dsac012
摘要

Abstract Cercidoideae, one of the six subfamilies of Leguminosae, contains one genus Cercis with its chromosome number 2n = 14 and all other genera with 2n = 28. An allotetraploid origin hypothesis for the common ancestor of non-Cercis genera in this subfamily has been proposed; however, no chromosome-level genomes from Cercidoideae have been available to test this hypothesis. Here, we conducted a chromosome-level genome assembly of Bauhinia variegata to test this hypothesis. The assembled genome is 326.4 Mb with the scaffold N50 of 22.1 Mb and contains 37,996 protein-coding genes. The Ks distribution between gene pairs in the syntenic regions indicates two whole-genome duplications (WGDs): one is B. variegata-specific, and the other is shared among core eudicots. Although Ks between gene pairs generated by the recent WGD in Bauhinia is greater than that between Bauhinia and Cercis, the WGD was not detected in Cercis, which can be explained by an accelerated evolutionary rate in Bauhinia after divergence from Cercis. Ks distribution and phylogenetic analysis for gene pairs generated by the recent WGD in Bauhinia and their corresponding orthologs in Cercis support the allopolyploidy origin hypothesis of Bauhinia. The genome of B. variegata also provides a genomic resource for dissecting genetic basis of its ornamental traits.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
美满冷安发布了新的文献求助10
2秒前
huichuanyin完成签到 ,获得积分10
3秒前
万能图书馆应助suoyu采纳,获得10
3秒前
wen发布了新的文献求助10
4秒前
lumos完成签到,获得积分10
4秒前
方赫然应助coral采纳,获得10
4秒前
5秒前
墨墨完成签到,获得积分10
5秒前
dodox应助小王采纳,获得30
5秒前
天马行空jzy完成签到,获得积分10
5秒前
ningmeng给ningmeng的求助进行了留言
6秒前
6秒前
称心的以蕊完成签到,获得积分10
9秒前
聂大猛完成签到,获得积分10
9秒前
zhangxinting0818完成签到,获得积分20
11秒前
CodeCraft应助简单的可愁采纳,获得10
11秒前
姜呱呱呱完成签到,获得积分10
11秒前
善学以致用应助风云鱼采纳,获得10
12秒前
舒心的耷完成签到,获得积分10
12秒前
13秒前
13秒前
武雨寒发布了新的文献求助10
14秒前
14秒前
15秒前
lumos发布了新的文献求助10
15秒前
16秒前
零度完成签到 ,获得积分10
16秒前
18秒前
medzhou完成签到,获得积分10
18秒前
suoyu发布了新的文献求助10
18秒前
19秒前
19秒前
19秒前
花生了什么树完成签到 ,获得积分10
19秒前
20秒前
玖歌完成签到,获得积分10
21秒前
hql_sdu发布了新的文献求助10
22秒前
科研通AI2S应助许win采纳,获得10
23秒前
23秒前
高分求助中
The late Devonian Standard Conodont Zonation 2000
Nickel superalloy market size, share, growth, trends, and forecast 2023-2030 2000
The Lali Section: An Excellent Reference Section for Upper - Devonian in South China 1500
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 870
Mantiden: Faszinierende Lauerjäger Faszinierende Lauerjäger 800
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 800
Fundamentals of Dispersed Multiphase Flows 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3254449
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2896608
关于积分的说明 8293494
捐赠科研通 2565573
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1393134
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 652418
邀请新用户注册赠送积分活动 629955