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Peptide-Aware Chemical Language Model Successfully Predicts Membrane Diffusion of Cyclic Peptides

环肽 化学 化学生物学 高分子 生物系统 计算机科学 组合化学 生物化学 生物
作者
Aaron L. Feller,Claus O. Wilke
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
被引量:2
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.4c01441
摘要

Language modeling applied to biological data has significantly advanced the prediction of membrane penetration for small-molecule drugs and natural peptides. However, accurately predicting membrane diffusion for peptides with pharmacologically relevant modifications remains a substantial challenge. Here, we introduce PeptideCLM, a peptide-focused chemical language model capable of encoding peptides with chemical modifications, unnatural or noncanonical amino acids, and cyclizations. We assess this model by predicting membrane diffusion of cyclic peptides, demonstrating greater predictive power than existing chemical language models. Our model is versatile and can be extended beyond membrane diffusion predictions to other target values. Its advantages include the ability to model macromolecules using chemical string notation, a largely unexplored domain, and a simple, flexible architecture that allows for adaptation to any peptide or other macromolecule data set.
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