Réseaux de coexpression de gènes : concepts et applications

L’avènement des données massives en biologie (les technologies « omics ») et l’établissement de nouveaux algorithmes offrent aux biologistes l’opportunité d’explorer les processus du vivant dans le cadre de la biologie intégrative afin de révéler les interactions entre gènes, les réseaux, rendant compte des fonctions cellulaires complexes. Nous discutons dans cet article de deux méthodes de reconstruction de réseaux de gènes, WGCNA ( Weighted Gene Correlation Network Analysis ), développée par Steve Horvath et ses collaborateurs en 2008, et MIIC ( Multivariate Information-based Inductive Causation ) proposée par Hervé Isambert et son équipe en 2017 et 2024. Ces deux méthodes sont complémentaires, la première générant des réseaux non orientés où les interactions sont majoritairement indirectes, la seconde mettant en évidence les interactions directes, dont certaines orientées. Nous illustrons ces aspects à l’aide de nos propres travaux de recherche visant à identifier les interactions entre gènes, essentielles à l’établissement de la fonction de soutien des cellules souches hématopoïétiques par les cellules stromales mésenchymateuses à un stade précoce du développement embryonnaire.