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Genome-Wide Identification of the MYB Gene Family in Cymbidiumensifolium and Its Expression Analysis in Different Flower Colors

生物 MYB公司 遗传学 基因 WRKY蛋白质结构域 亚科 转录因子 系统发育树 基因组 拟南芥 转录组 基因表达 突变体
作者
Yu-Jie Ke,Qing-Dong Zheng,Ya-He Yao,Yue Ou,Jiayi Chen,Mengjie Wang,Hui-Ping Lai,Yan Lu,Zhong‐Jian Liu,Ye Ai
出处
期刊:International Journal of Molecular Sciences [MDPI AG]
卷期号:22 (24): 13245-13245 被引量:25
标识
DOI:10.3390/ijms222413245
摘要

MYB transcription factors of plants play important roles in flavonoid synthesis, aroma regulation, floral organ morphogenesis, and responses to biotic and abiotic stresses. Cymbidium ensifolium is a perennial herbaceous plant belonging to Orchidaceae, with special flower colors and high ornamental value. In this study, a total of 136 CeMYB transcription factors were identified from the genome of C. ensifolium, including 27 1R-MYBs, 102 R2R3-MYBs, 2 3R-MYBs, 2 4R-MYBs, and 3 atypical MYBs. Through phylogenetic analysis in combination with MYB in Arabidopsis thaliana, 20 clusters were obtained, indicating that these CeMYBs may have a variety of biological functions. The 136 CeMYBs were distributed on 18 chromosomes, and the conserved domain analysis showed that they harbored typical amino acid sequence repeats. The motif prediction revealed that multiple conserved elements were mostly located in the N-terminal of CeMYBs, suggesting their functions to be relatively conserved. CeMYBs harbored introns ranging from 0 to 13 and contained a large number of stress- and hormone-responsive cis-acting elements in the promoter regions. The subcellular localization prediction demonstrated that most of CeMYBs were positioned in the nucleus. The analysis of the CeMYBs expression based on transcriptome data showed that CeMYB52, and CeMYB104 of the S6 subfamily may be the key genes leading to flower color variation. The results lay a foundation for the study of MYB transcription factors of C. ensifolium and provide valuable information for further investigations of the potential function of MYB genes in the process of anthocyanin biosynthesis.
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