piecewiseSEM: Piecewise structural equation modelling in r for ecology, evolution, and systematics

自相关 结构方程建模 计算机科学 多元统计 路径(计算) 生态学 过程(计算) 一套 系统发育树 数据挖掘 机器学习 数学 统计 地理 生物 程序设计语言 生物化学 基因 考古
作者
Jonathan S. Lefcheck
出处
期刊:Methods in Ecology and Evolution [Wiley]
卷期号:7 (5): 573-579 被引量:2910
标识
DOI:10.1111/2041-210x.12512
摘要

Summary Ecologists and evolutionary biologists rely on an increasingly sophisticated set of statistical tools to describe complex natural systems. One such tool that has gained significant traction in the biological sciences is structural equation models ( SEM ), a form of path analysis that resolves complex multivariate relationships among a suite of interrelated variables. Evaluation of SEM s has historically relied on covariances among variables, rather than the values of the data points themselves. While this approach permits a wide variety of model forms, it limits the incorporation of detailed specifications. Recent developments have allowed for the simultaneous implementation of non‐normal distributions, random effects and different correlation structures using local estimation, but this process is not yet automated and consequently, evaluation can be prohibitive with complex models. Here, I present a fully documented, open‐source package piecewise SEM, a practical implementation of confirmatory path analysis for the r programming language. The package extends this method to all current (generalized) linear, (phylogenetic) least‐square, and mixed effects models, relying on familiar r syntax. I also provide two worked examples: one involving random effects and temporal autocorrelation, and a second involving phylogenetically independent contrasts. My goal is to provide a user‐friendly and tractable implementation of SEM that also reflects the ecological and methodological processes generating data.
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