SingletSeeker: an unsupervised clustering approach for automated singlet discrimination in cytometry

聚类分析 计算机科学 特征(语言学) 灵敏度(控制系统) 模式识别(心理学) 数据挖掘 过程(计算) 集合(抽象数据类型) 细胞仪 特征选择 人工智能 数据集 层次聚类 算法 化学 细胞 哲学 语言学 生物化学 电子工程 工程类 程序设计语言 操作系统
作者
Mark Colasurdo,Laura Ferrer‐Font,Aaron Middlebrook,A Konecny,Martin Prlic,Josef Špidlen
出处
期刊:Cytometry Part B-clinical Cytometry [Wiley]
标识
DOI:10.1002/cyto.b.22216
摘要

Abstract Flow cytometry is a high‐throughput, high‐dimensional technique that generates large sets of single‐cell data. Prior to analyzing this data, it is common to exclude any events that contain two or more cells, multiplets, to ensure downstream analysis and quantification is of single‐cell events, singlets, only. The process of singlet discrimination is critical yet fundamentally subjective and time‐consuming; it is performed manually by the user, where the proper exclusion of multiplets depends on the user's expertise and often varies from experiment to experiment. To address this problem, we have developed an algorithm to automatically discriminate singlets from other unwanted events such as multiplets and debris. Using parameters derived from imaging, the algorithm first identifies high‐density clusters of events using a density‐based clustering algorithm, and then classifies the clusters based on their properties. Multiplets are discarded in the first step, while singlets are distinguished from debris in the second step. The algorithm can use different strategies on imaging feature selection‐based user's preferences and imaging features available. In addition, the relative importance of singlets precision vs. sensitivity can be further tweaked via a density coefficient adjustment. Twenty‐two datasets from various sites and of various cell types acquired on the BD FACSDiscover™ S8 Cell Sorter with CellView™ Image Technology were used to develop and validate the algorithm across multiple imaging feature sets. A consistent singlets precision >97% with a solid >88% sensitivity has been demonstrated with a LightLoss feature set and the default density coefficient. This work yields a high‐precision, high‐sensitivity algorithm capable of objective and automated singlet discrimination across multiple cell types using various imaging‐derived parameters. A free FlowJo™ Software plugin implementation is available for simple and reproducible singlet discrimination for use at the beginning of any user's workflow.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
Febrine0502完成签到,获得积分10
1秒前
安青兰完成签到 ,获得积分10
2秒前
Fiona完成签到 ,获得积分10
4秒前
loren313完成签到,获得积分0
6秒前
安子完成签到,获得积分10
8秒前
彩色的冷梅完成签到 ,获得积分10
8秒前
光之美少女完成签到 ,获得积分10
25秒前
研友_ZbP41L完成签到 ,获得积分10
30秒前
Bill Wang完成签到 ,获得积分10
31秒前
一白完成签到 ,获得积分10
33秒前
CCD完成签到 ,获得积分10
36秒前
38秒前
Will完成签到 ,获得积分10
42秒前
Singularity发布了新的文献求助10
42秒前
Eason Liu完成签到,获得积分10
42秒前
稳重母鸡完成签到 ,获得积分10
48秒前
多托郭完成签到 ,获得积分10
49秒前
飞云完成签到 ,获得积分10
55秒前
玩命的无春完成签到 ,获得积分10
59秒前
Singularity发布了新的文献求助20
1分钟前
风趣的冬卉完成签到 ,获得积分10
1分钟前
回首不再是少年完成签到,获得积分0
1分钟前
likw23完成签到 ,获得积分10
1分钟前
尤一手完成签到 ,获得积分10
1分钟前
干亿先完成签到 ,获得积分10
1分钟前
又又完成签到,获得积分10
1分钟前
652183758完成签到 ,获得积分10
1分钟前
梦回唐朝完成签到 ,获得积分10
1分钟前
宸浅完成签到 ,获得积分10
1分钟前
糊涂的青烟完成签到 ,获得积分10
1分钟前
hsrlbc完成签到,获得积分10
2分钟前
大气建辉完成签到 ,获得积分10
2分钟前
yaoyao发布了新的文献求助10
2分钟前
yaoyao完成签到,获得积分10
2分钟前
内向的白玉完成签到 ,获得积分10
2分钟前
心流完成签到 ,获得积分10
2分钟前
Dearjw1655完成签到,获得积分10
2分钟前
ZHL完成签到,获得积分10
2分钟前
victory_liu完成签到,获得积分10
2分钟前
迅速的念芹完成签到 ,获得积分10
2分钟前
高分求助中
Spray / Wall-interaction Modelling by Dimensionless Data Analysis 2000
Aspects of Babylonian celestial divination: the lunar eclipse tablets of Enūma Anu Enlil 500
Mathematics and Finite Element Discretizations of Incompressible Navier—Stokes Flows 500
Dictionary of socialism 350
Mixed-anion Compounds 300
Geochemistry, 2nd Edition 地球化学经典教科书第二版 300
Idoxuridine 260
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3196852
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2845520
关于积分的说明 8054339
捐赠科研通 2510132
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1342314
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 639355
邀请新用户注册赠送积分活动 608669