Quantification of subclonal selection in cancer from bulk sequencing data

生物 选择(遗传算法) 癌症 计算生物学 进化动力学 遗传学 DNA测序 克隆(Java方法) 基因组 人口 基因 计算机科学 社会学 人口学 人工智能
作者
Marc Williams,Benjamin Werner,Timon Heide,Christina Curtis,C. Barnes,Andrea Sottoriva,Trevor A. Graham
出处
期刊:Nature Genetics [Springer Nature]
卷期号:50 (6): 895-903 被引量:222
标识
DOI:10.1038/s41588-018-0128-6
摘要

Subclonal architectures are prevalent across cancer types. However, the temporal evolutionary dynamics that produce tumor subclones remain unknown. Here we measure clone dynamics in human cancers by using computational modeling of subclonal selection and theoretical population genetics applied to high-throughput sequencing data. Our method determined the detectable subclonal architecture of tumor samples and simultaneously measured the selective advantage and time of appearance of each subclone. We demonstrate the accuracy of our approach and the extent to which evolutionary dynamics are recorded in the genome. Application of our method to high-depth sequencing data from breast, gastric, blood, colon and lung cancer samples, as well as metastatic deposits, showed that detectable subclones under selection, when present, consistently emerged early during tumor growth and had a large fitness advantage (>20%). Our quantitative framework provides new insight into the evolutionary trajectories of human cancers and facilitates predictive measurements in individual tumors from widely available sequencing data.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
Owen应助和谐如容采纳,获得10
刚刚
刚刚
眼睛大毛衣完成签到 ,获得积分10
刚刚
文静的枫完成签到,获得积分10
1秒前
dangan发布了新的文献求助10
1秒前
1秒前
1秒前
1秒前
wjfjs2cd发布了新的文献求助10
2秒前
2秒前
2秒前
Yuzusoft发布了新的文献求助10
3秒前
111完成签到,获得积分10
3秒前
吃不饱和学不会完成签到,获得积分10
5秒前
宇宇发布了新的文献求助30
5秒前
zouzou完成签到,获得积分10
5秒前
赘婿应助丽丽采纳,获得10
6秒前
6秒前
星辰大海应助友好的天奇采纳,获得10
6秒前
彤童发布了新的文献求助10
6秒前
huenan发布了新的文献求助30
6秒前
我是老大应助疯狂的醉波采纳,获得10
7秒前
祖寻菡完成签到 ,获得积分20
8秒前
believe发布了新的文献求助10
9秒前
9秒前
9秒前
10秒前
烟花应助轻松真采纳,获得10
10秒前
勤劳的芳给酷炫绿蝶的求助进行了留言
11秒前
梵柯完成签到,获得积分10
11秒前
机灵小馒头完成签到,获得积分10
11秒前
几号大家好完成签到,获得积分10
12秒前
SciGPT应助皎皎采纳,获得10
12秒前
无霁之都发布了新的文献求助10
12秒前
小西完成签到,获得积分10
13秒前
prosperp应助哈哈哈哈采纳,获得10
13秒前
13秒前
赘婿应助辞却采纳,获得30
15秒前
Owen应助彤童采纳,获得30
15秒前
15秒前
高分求助中
Licensing Deals in Pharmaceuticals 2019-2024 3000
Effect of reactor temperature on FCC yield 2000
Very-high-order BVD Schemes Using β-variable THINC Method 1020
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 800
Mission to Mao: Us Intelligence and the Chinese Communists in World War II 600
The Conscience of the Party: Hu Yaobang, China’s Communist Reformer 600
A new species of Coccus (Homoptera: Coccoidea) from Malawi 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3300630
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2935553
关于积分的说明 8473326
捐赠科研通 2609181
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1424528
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 662056
邀请新用户注册赠送积分活动 645820