Analysis of lncRNA-Protein Interactions by RNA-Protein Pull-Down Assays and RNA Immunoprecipitation (RIP)

免疫沉淀 染色质免疫沉淀 核糖核酸 染色质 细胞生物学 RNA结合蛋白 长非编码RNA 生物 非编码RNA 分子生物学 计算生物学 基因表达 基因 生物化学 发起人
作者
Holger Bierhoff
出处
期刊:Methods in molecular biology 卷期号:: 241-250 被引量:48
标识
DOI:10.1007/978-1-4939-7371-2_17
摘要

Long noncoding RNAs (lncRNAs) have important roles in shaping chromatin by targeting chromatin-modifying enzymes to distinct genomic sites. This section covers two methods to analyze lncRNA-protein interactions. The RNA-protein pull-down assays use either bead-bound proteins to capture in vitro transcripts, or immobilized synthetic RNAs to bind proteins from cell lysates. In the RNA immunoprecipitation (RIP) assay, endogenous RNAs are co-immunoprecipitated with a protein of interest. Both the methods can be applied to material from proliferating and quiescent cells, thus providing insights into how lncRNA-protein interactions are altered between these two cellular states.
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