Using artificial intelligence to document the hidden RNA virosphere

生物 核糖核酸 计算生物学 遗传学 基因
作者
Xin Hou,Yong He,Fang Pan,Shi-Qiang Mei,Zan Xu,Wei-Chen Wu,Jun-Hua Tian,Shun Zhang,Zhenyu Zeng,Qin-yu Gou,Gen-Yang Xin,Shi-Jia Le,Yinyue Xia,Yu-Lan Zhou,Fengming Hui,Yuanfei Pan,John-Sebastian Eden,Zhaohui Yang,Chong Han,Yuelong Shu,Deyin Guo,Jing Wang,Edward C. Holmes,Zhao‐Rong Li,Mǎng Shī
出处
期刊:Cell [Elsevier]
标识
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.027
摘要

Current metagenomic tools can fail to identify highly divergent RNA viruses. We developed a deep learning algorithm, termed LucaProt, to discover highly divergent RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) sequences in 10,487 metatranscriptomes generated from diverse global ecosystems. LucaProt integrates both sequence and predicted structural information, enabling the accurate detection of RdRP sequences. Using this approach, we identified 161,979 potential RNA virus species and 180 RNA virus supergroups, including many previously poorly studied groups, as well as RNA virus genomes of exceptional length (up to 47,250 nucleotides) and genomic complexity. A subset of these novel RNA viruses was confirmed by RT-PCR and RNA/DNA sequencing. Newly discovered RNA viruses were present in diverse environments, including air, hot springs, and hydrothermal vents, with virus diversity and abundance varying substantially among ecosystems. This study advances virus discovery, highlights the scale of the virosphere, and provides computational tools to better document the global RNA virome.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
胡思发布了新的文献求助10
刚刚
慕青应助juziyaya采纳,获得10
2秒前
YY发布了新的文献求助10
2秒前
Hello应助贺飞风采纳,获得10
2秒前
wwwww发布了新的文献求助30
2秒前
今后应助lsk采纳,获得10
2秒前
3秒前
小疯狗完成签到,获得积分10
6秒前
8秒前
cxy发布了新的文献求助10
8秒前
10秒前
11秒前
13秒前
xiongyue发布了新的文献求助10
13秒前
13秒前
14秒前
科研通AI2S应助王稀松采纳,获得10
15秒前
山哥完成签到,获得积分10
15秒前
15秒前
15秒前
15秒前
16秒前
狗妹那塞发布了新的文献求助10
16秒前
李健应助hz采纳,获得10
17秒前
卓梨完成签到 ,获得积分10
17秒前
山哥发布了新的文献求助10
19秒前
Bond完成签到 ,获得积分10
19秒前
爆米花应助jiang采纳,获得10
20秒前
11发布了新的文献求助50
20秒前
烟雨发布了新的文献求助10
20秒前
阿腾发布了新的文献求助10
20秒前
20秒前
共享精神应助日出采纳,获得10
20秒前
21秒前
22秒前
23秒前
wangweiwei完成签到,获得积分10
23秒前
隐形曼青应助莫小乔斯采纳,获得10
24秒前
可爱的函函应助www采纳,获得10
24秒前
会发光的碳完成签到,获得积分10
25秒前
高分求助中
The Oxford Handbook of Social Cognition (Second Edition, 2024) 1050
Kinetics of the Esterification Between 2-[(4-hydroxybutoxy)carbonyl] Benzoic Acid with 1,4-Butanediol: Tetrabutyl Orthotitanate as Catalyst 1000
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
юрские динозавры восточного забайкалья 800
English Wealden Fossils 700
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
Mantiden: Faszinierende Lauerjäger Faszinierende Lauerjäger 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3140965
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2791902
关于积分的说明 7800851
捐赠科研通 2448159
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1302441
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 626568
版权声明 601226