Umbrella Sampling-Based Method to Compute Ligand-Binding Affinity

伞式取样 平均力势 直方图 采样(信号处理) 谐波 配体(生物化学) 化学 结合位点 分子动力学 计算化学 计算机科学 物理 生物化学 人工智能 光学 量子力学 图像(数学) 探测器 受体
作者
Son Tung Ngo,Phạm Minh Quân
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 313-323 被引量:9
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-1767-0_14
摘要

Many proteins have a solvent-exposed binding cleft, which permits their inhibitors to bind and unbind without significant protein conformation transforms. The binding/unbinding pathways of these protein-inhibitor complexes can be rather straightforwardly sampled by using umbrella sampling (US) simulation methods. During a US simulation, the Cα atoms of the protein are restrained via a harmonic force. The potential of mean force (PMF) along the binding pathway can be estimated by using the weighted histogram analysis method (WHAM). The binding affinity is then computed as the difference in PMF between the binding and unbinding states.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
旧戏人完成签到,获得积分10
刚刚
1秒前
1秒前
mmt发布了新的文献求助10
2秒前
mmt发布了新的文献求助10
2秒前
wanci应助有缘人采纳,获得10
2秒前
mmt发布了新的文献求助10
3秒前
3秒前
mmt发布了新的文献求助10
3秒前
mmt发布了新的文献求助10
3秒前
mumu完成签到,获得积分10
5秒前
5秒前
5秒前
tk发布了新的文献求助10
5秒前
yx_cheng完成签到,获得积分0
6秒前
6秒前
希望天下0贩的0应助peace采纳,获得10
7秒前
7秒前
栗子完成签到 ,获得积分10
8秒前
wang佳俊发布了新的文献求助10
8秒前
王有闲完成签到,获得积分10
8秒前
9秒前
10秒前
11秒前
Aurora.H发布了新的文献求助10
12秒前
坐宝马吃地瓜完成签到 ,获得积分10
12秒前
Ail完成签到,获得积分10
13秒前
13秒前
tk完成签到,获得积分10
14秒前
14秒前
hope发布了新的文献求助20
15秒前
小胡完成签到,获得积分10
15秒前
15秒前
yx_cheng应助肯瑞恩哭哭采纳,获得10
15秒前
Jasper应助薄荷味的soda采纳,获得10
16秒前
空白娃娃完成签到,获得积分10
16秒前
16秒前
20秒前
可爱小天才完成签到 ,获得积分10
22秒前
张雷应助保卫时光采纳,获得50
22秒前
高分求助中
A new approach to the extrapolation of accelerated life test data 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 700
ACSM’s Guidelines for Exercise Testing and Prescription, 12th edition 500
Nucleophilic substitution in azasydnone-modified dinitroanisoles 500
不知道标题是什么 500
Indomethacinのヒトにおける経皮吸収 400
Phylogenetic study of the order Polydesmida (Myriapoda: Diplopoda) 370
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3976177
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3520366
关于积分的说明 11202745
捐赠科研通 3256847
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1798509
邀请新用户注册赠送积分活动 877704
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 806516