Umbrella Sampling-Based Method to Compute Ligand-Binding Affinity

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作者
Son Tung Ngo,Phạm Minh Quân
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 313-323 被引量:9
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-1767-0_14
摘要

Many proteins have a solvent-exposed binding cleft, which permits their inhibitors to bind and unbind without significant protein conformation transforms. The binding/unbinding pathways of these protein-inhibitor complexes can be rather straightforwardly sampled by using umbrella sampling (US) simulation methods. During a US simulation, the Cα atoms of the protein are restrained via a harmonic force. The potential of mean force (PMF) along the binding pathway can be estimated by using the weighted histogram analysis method (WHAM). The binding affinity is then computed as the difference in PMF between the binding and unbinding states.
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