La microscopie confocale laser endoscopique (pCLE) est une technologie récente d'imagerie endoscopique par mini sondes. Ces dernières peuvent être utilisées au travers du canal opérateur des endoscopes thoraciques. Une fois appliquée sur le tissu d'intérêt, elles permettent son étude à un niveau microscopique, en directe et de manière dynamique. Pour l'essentiel, dans le cadre de la pathologie pleuropulmonaire maligne, cette technique démontre son intérêt potentiel dans l'orientation des prélèvements biopsiques plus que dans le diagnostic histologique à proprement parler. Cela dit, ces résultats doivent être validés contre les procédures standards actuelles. Dans le cadre des pathologies interstitielles, les informations fournies par la technique semblent complémentaires des autres données (histologiques, biologiques, cliniques, radiologiques…). Son utilisation dans ce cadre doit néanmoins être validée lors d'études prospectives randomisées. La pCLE permet par ailleurs l'évaluation des rapports anatomofonctionnels des structures pulmonaires notamment dans le cadre des maladies bronchiques obstructives. Des données récentes démontrent son intérêt potentiel dans le rejet cellulaire aigu de greffe pulmonaire. Les perspectives futures résident en la validation de ces résultats contre les techniques de référence actuellement disponibles. L'utilisation de fluorophores spécifiques de cibles moléculaires ouvre le champ de l'imagerie moléculaire optique endoscopique. Probe based confocal laser endomicroscopy (pCLE) is a new endoscopic imaging technology. It uses mini probes which can be introduced through the working channels of endoscopes. Whenever applied on the tissue of interest, they allow imaging of tissue at a cellular level. In the filed of pleuropulmonary malignancies, pCLE showed mostly its ability to guide biopsies samplings. Those results need to be validated in larger prospective studies. In interstitial lung diseases, pCLE provides information complementary to other clinical and paraclinical data. The valuability of these informations need to be investigated further, prospectively in randomized trials. In obstructive pulmonary diseases, pCLE is able to investigate the structural and functional relationships between pulmonary structures. pCLE showed good ability in the identification of acute cellular rejection after lung transplantation. For the time being, pCLE is not part of routine clinical practice. The data available need to be validated in larger randomized prospective trials, before it can be recommended as a guiding tool for biopsies or as a diagnostic tool for pathologic process. New fluorophores are now available. They are specific of some molecular sequences, allowing the enhancement of specific targets within the sample studied.