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Dyadobacter pollutisoli sp. nov., isolated from plastic waste landfill soil

16S核糖体RNA 生物 拉伤 系统发育树 细菌 基因组DNA 氧化酶试验 谱系(遗传) 微生物学 植物 基因 遗传学 生物化学 解剖
作者
Kyeong Ryeol Kim,Jeong‐Min Kim,Jae Kyeong Lee,Dong Min Han,Lujiang Hao,Che Ok Jeon
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:73 (4)
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.005778
摘要

A Gram-stain-negative, yellow-pigmented and facultatively aerobic bacterium, designated strain U1 T , was isolated from plastic dumped soil sampled in the Republic of Korea. Cell of strain U1 T were non-motile rods showing catalase-negative and oxidase-positive activities. Strain U1 T was shown to grow at 10–37 °C (optimum, 25–30 °C) and pH 6.0–9.0 (optimum, pH 8.0), and in the presence of 0–0.5 % (w/v) NaCl (optimum, 0 %). Strain U1 T contained iso-C 15 : 0 , C 16 : 0 , C 16 : 1 ω5 c and summed feature 3 (comprising C 16 : 1 ω 6 c and/or C 16 : 1 ω7 c ) as the major cellular fatty acids (>5 %) and menaquinone-7 as the sole respiratory quinone. Phosphatidylethanolamine, two unidentified aminolipids and three unidentified lipids were identified as the major polar lipids. The DNA G+C content of strain U1 T calculated from the whole-genome sequence was 45.5 mol%. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences showed that strain U1 T formed a distinct phylogenetic lineage within the genus Dyadobacter . Strain U1 T has the highest 16S rRNA sequence similarity to Dyadobacter bucti QTA69 T (97.9 %). Average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization values between strain U1 T and D. bucti QTA69 T were 74.6 % and 18.9 %, respectively. Based on phenotypic, chemotaxonomic and molecular features, strain U1 T represents a novel species of the genus Dyadobacter , for which the name Dyadobacter pollutisoli sp. nov. is proposed. The type strain is U1 T (= KACC 22210 T =JCM 34491 T ).
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