Cross-scale dynamics and the evolutionary emergence of infectious diseases

比例(比率) 进化动力学 动力学(音乐) 计算机科学 地理 医学 地图学 物理 声学 环境卫生 人口
作者
Sebastian J. Schreiber,Ruian Ke,Claude Loverdo,Miran Park,Prianna Ahsan,James O. Lloyd‐Smith
出处
期刊:Virus Evolution [Oxford University Press]
卷期号:7 (1) 被引量:17
标识
DOI:10.1093/ve/veaa105
摘要

Abstract When emerging pathogens encounter new host species for which they are poorly adapted, they must evolve to escape extinction. Pathogens experience selection on traits at multiple scales, including replication rates within host individuals and transmissibility between hosts. We analyze a stochastic model linking pathogen growth and competition within individuals to transmission between individuals. Our analysis reveals a new factor, the cross-scale reproductive number of a mutant virion, that quantifies how quickly mutant strains increase in frequency when they initially appear in the infected host population. This cross-scale reproductive number combines with viral mutation rates, single-strain reproductive numbers, and transmission bottleneck width to determine the likelihood of evolutionary emergence, and whether evolution occurs swiftly or gradually within chains of transmission. We find that wider transmission bottlenecks facilitate emergence of pathogens with short-term infections, but hinder emergence of pathogens exhibiting cross-scale selective conflict and long-term infections. Our results provide a framework to advance the integration of laboratory, clinical, and field data in the context of evolutionary theory, laying the foundation for a new generation of evidence-based risk assessment of emergence threats.
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