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GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers

计算机科学 平行性(语法) 计算科学 并行计算 数据并行性 超级计算机 计算机体系结构
作者
M Abraham,Teemu J. Murtola,Roland Schulz,Szilárd Páll,Jeremy C. Smith,Berk Hess,Erik Lindahl
出处
期刊:SoftwareX [Elsevier BV]
卷期号:1-2: 19-25 被引量:20709
标识
DOI:10.1016/j.softx.2015.06.001
摘要

GROMACS is one of the most widely used open-source and free software codes in chemistry, used primarily for dynamical simulations of biomolecules. It provides a rich set of calculation types, preparation and analysis tools. Several advanced techniques for free-energy calculations are supported. In version 5, it reaches new performance heights, through several new and enhanced parallelization algorithms. These work on every level; SIMD registers inside cores, multithreading, heterogeneous CPU–GPU acceleration, state-of-the-art 3D domain decomposition, and ensemble-level parallelization through built-in replica exchange and the separate Copernicus framework. The latest best-in-class compressed trajectory storage format is supported.
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