Performance Evaluation of 2D Fingerprint and 3D Shape Similarity Methods in Virtual Screening

虚拟筛选 指纹(计算) 计算机科学 相似性(几何) 对接(动物) 人工智能 工作流程 配体(生物化学) 模式识别(心理学) 数据挖掘 计算生物学 生物系统 生物信息学 化学 药物发现 生物 医学 图像(数学) 护理部 受体 数据库 生物化学
作者
Guoping Hu,Guanglin Kuang,Wen Xiao,Weihua Li,Guixia Liu,Yun Tang
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:52 (5): 1103-1113 被引量:125
标识
DOI:10.1021/ci300030u
摘要

Virtual screening (VS) can be accomplished in either ligand- or structure-based methods. In recent times, an increasing number of 2D fingerprint and 3D shape similarity methods have been used in ligand-based VS. To evaluate the performance of these ligand-based methods, retrospective VS was performed on a tailored directory of useful decoys (DUD). The VS performances of 14 2D fingerprints and four 3D shape similarity methods were compared. The results revealed that 2D fingerprints ECFP_2 and FCFP_4 yielded better performance than the 3D Phase Shape methods. These ligand-based methods were also compared with structure-based methods, such as Glide docking and Prime molecular mechanics generalized Born surface area rescoring, which demonstrated that both 2D fingerprint and 3D shape similarity methods could yield higher enrichment during early retrieval of active compounds. The results demonstrated the superiority of ligand-based methods over the docking-based screening in terms of both speed and hit enrichment. Therefore, considering ligand-based methods first in any VS workflow would be a wise option.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
迷人的寒风完成签到,获得积分10
刚刚
刚刚
water应助科研通管家采纳,获得10
1秒前
Lucas应助HHHAN采纳,获得10
3秒前
无情修杰完成签到 ,获得积分10
4秒前
小柒完成签到 ,获得积分10
6秒前
聪慧芷巧发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
12秒前
蓝意完成签到,获得积分0
13秒前
xiaohongmao完成签到,获得积分10
18秒前
21秒前
qweerrtt完成签到,获得积分10
28秒前
28秒前
与共发布了新的文献求助10
29秒前
carly完成签到 ,获得积分10
30秒前
颢懿完成签到 ,获得积分10
33秒前
量子星尘发布了新的文献求助10
34秒前
36秒前
ljc完成签到 ,获得积分10
37秒前
Java完成签到,获得积分10
41秒前
43秒前
鲤鱼安青完成签到 ,获得积分10
45秒前
45秒前
dollarpuff完成签到 ,获得积分10
48秒前
48秒前
mmmmmMM完成签到,获得积分10
55秒前
luckweb完成签到,获得积分10
1分钟前
猫的毛完成签到 ,获得积分10
1分钟前
nicky完成签到 ,获得积分10
1分钟前
麦子完成签到 ,获得积分10
1分钟前
1分钟前
Wilson完成签到 ,获得积分10
1分钟前
luckweb发布了新的文献求助10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
1分钟前
传奇3应助wujiwuhui采纳,获得10
1分钟前
开心寄松完成签到,获得积分10
1分钟前
北宫完成签到 ,获得积分10
1分钟前
高分求助中
【提示信息,请勿应助】关于scihub 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Handbook of Industrial Diamonds.Vol2 1100
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Picture Books with Same-sex Parented Families: Unintentional Censorship 550
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4038066
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3575779
关于积分的说明 11373801
捐赠科研通 3305584
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1819239
邀请新用户注册赠送积分活动 892655
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 815022