LigBuilder 2: A Practical de Novo Drug Design Approach

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作者
Yaxia Yuan,Jianfeng Pei,Luhua Lai
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:51 (5): 1083-1091 被引量:173
标识
DOI:10.1021/ci100350u
摘要

We have developed a new version (2.0) of the de novo drug design program LigBuilder. With LigBuilder 2.0, the synthesis accessibility of designed compounds can be analyzed, and a cavity detection procedure is implemented to detect the positions and shapes of the binding sites on the surface of a given protein structure and to quantitatively estimate drugability. Ligands are designed to best fit the detected cavities using a set of rules for evaluation. Drug-like and privileged fragments are used to construct the ligands with the aid of internal and external absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADME/T) and drug-like filters.
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