Coût des technologies de séquençage haut débit (NGS) : revue de la littérature et enseignements

Si les technologies de séquençage à haut débit (Next-Generation Sequencing [NGS]) révolutionnent la médecine, l'estimation de leur coût de production en vue de leur tarification par les systèmes de santé pose des questions méthodologiques. L'objectif de cette revue des études de coût des analyses NGS est de tirer des enseignements pour produire des estimations robustes du coût de ces techniques. Nous avons analysé selon une grille d'analyse comportant onze items les études de coûts de type micro-costing des analyses NGS (n = 17) dont deux études menées en France. Les facteurs de variabilité entre les études que nous avons identifiés sont la temporalité (évaluation précoce de l'innovation vs évaluation d'une technologie mature), le choix de la méthode d'évaluation des coûts (périmètre, technique de micro- versus gross-costing), le choix des étapes de production observées et la transposabilité de ces études. Les enseignements que nous en retirons sont qu'il faut avoir une vision globale du processus de production du séquençage en intégrant toutes les étapes depuis le prélèvement de l'échantillon biologique jusqu'au rendu du résultat au clinicien. Il importe également de distinguer ce qui relève du contexte local de ce qui relève du contexte plus général en privilégiant le recours à des méthodes mixtes pour le calcul des coûts. Enfin, des analyses de sensibilité et une ré-estimation périodique des coûts des techniques doivent être effectuées pour pouvoir réviser les tarifs en fonction des évolutions liées à la diffusion de la technologie et au jeu de la concurrence entre les fournisseurs de réactifs. Although high-throughput sequencing technologies (Next-Generation Sequencing [NGS]) are revolutionizing medicine, the estimation of their production cost for pricing/tariffication by health systems raises methodological questions. The objective of this review of cost studies of high-throughput sequencing techniques is to draw lessons for producing robust cost estimates of these techniques. We analyzed, using an eleven item analysis framework, micro-costing studies of high-throughput sequencing technologies (n = 17), including two studies conducted in the French context. The factors of variability between the studies that we identified were temporality (early evaluation of the innovation vs. evaluation of a mature technology), the choice of cost evaluation method (scope, micro- vs. gross-costing technique), the choice of production steps observed and the transposability of these studies. The lessons we have learned are that it is necessary to have a comprehensive vision of the sequencing production process by integrating all the steps from the collection of the biological sample to the delivery of the result to the clinician. It is also important to distinguish between what refers to the local context and what refers to the general context, by favouring the use of mixed methods to calculate costs. Finally, sensitivity analyses and periodic re-estimation of the costs of the techniques must be carried out in order to be able to revise the tariffs according to changes linked to the diffusion of the technology and to competition between reagent suppliers.