FungalTraits: a user-friendly traits database of fungi and fungus-like stramenopiles

生物 特质 分类单元 鉴定(生物学) 生态学 生物多样性 计算机科学 程序设计语言
作者
Sergei Põlme,Kessy Abarenkov,R. Henrik Nilsson,Björn D. Lindahl,Karina E. Clemmensen,Håvard Kauserud,Nhu Nguyen,Rasmus Kjøller,Scott T. Bates,Petr Baldrián,Tobias Guldberg Frøslev,Kristjan Adojaan,Alfredo Vizzini,Ave Suija,Donald H. Pfister,Hans-Otto Baral,Helle Järv,Hugo Madrid,Jenni Nordén,Jian‐Kui Liu
出处
期刊:Fungal Diversity [Springer Science+Business Media]
卷期号:105 (1): 1-16 被引量:984
标识
DOI:10.1007/s13225-020-00466-2
摘要

The cryptic lifestyle of most fungi necessitates molecular identification of the guild in environmental studies. Over the past decades, rapid development and affordability of molecular tools have tremendously improved insights of the fungal diversity in all ecosystems and habitats. Yet, in spite of the progress of molecular methods, knowledge about functional properties of the fungal taxa is vague and interpretation of environmental studies in an ecologically meaningful manner remains challenging. In order to facilitate functional assignments and ecological interpretation of environmental studies we introduce a user friendly traits and character database FungalTraits operating at genus and species hypothesis levels. Combining the information from previous efforts such as FUNGuild and FunFun together with involvement of expert knowledge, we reannotated 10,210 and 151 fungal and Stramenopila genera, respectively. This resulted in a stand-alone spreadsheet dataset covering 17 lifestyle related traits of fungal and Stramenopila genera, designed for rapid functional assignments of environmental studies. In order to assign the trait states to fungal species hypotheses, the scientific community of experts manually categorised and assigned available trait information to 697,413 fungal ITS sequences. On the basis of those sequences we were able to summarise trait and host information into 92,623 fungal species hypotheses at 1% dissimilarity threshold.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
日富一日完成签到,获得积分10
刚刚
study完成签到,获得积分10
刚刚
弥里完成签到 ,获得积分10
刚刚
锂安完成签到,获得积分10
刚刚
composite66完成签到,获得积分10
1秒前
小星发布了新的文献求助10
2秒前
脸小呆呆完成签到 ,获得积分10
2秒前
陈龙完成签到,获得积分10
2秒前
2秒前
蜗牛发布了新的文献求助10
3秒前
2020发布了新的文献求助10
3秒前
4秒前
wang完成签到,获得积分10
4秒前
4秒前
4秒前
辰熙应助金土豆的福袋子采纳,获得10
4秒前
5秒前
Hudson完成签到,获得积分10
5秒前
涵涵完成签到 ,获得积分10
5秒前
5秒前
lyy完成签到,获得积分10
6秒前
大约在冬季完成签到,获得积分10
6秒前
科研通AI6.3应助迷人迎曼采纳,获得10
6秒前
Chenxiaogang发布了新的文献求助10
6秒前
6秒前
6秒前
6秒前
万能图书馆应助吴未采纳,获得10
7秒前
Cher.完成签到,获得积分10
7秒前
8秒前
hrrypeet完成签到,获得积分10
8秒前
肉肉完成签到 ,获得积分10
8秒前
9秒前
青衣北风发布了新的文献求助10
10秒前
酱酱酱酱发布了新的文献求助30
10秒前
10秒前
丘比特应助元宝采纳,获得10
10秒前
JJ完成签到,获得积分10
10秒前
慌慌完成签到 ,获得积分10
11秒前
qiqi发布了新的文献求助10
11秒前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
Handbook of pharmaceutical excipients, Ninth edition 5000
Aerospace Standards Index - 2026 ASIN2026 3000
Polymorphism and polytypism in crystals 1000
Signals, Systems, and Signal Processing 610
Discrete-Time Signals and Systems 610
T/SNFSOC 0002—2025 独居石精矿碱法冶炼工艺技术标准 600
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 纳米技术 有机化学 物理 生物化学 化学工程 计算机科学 复合材料 内科学 催化作用 光电子学 物理化学 电极 冶金 遗传学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 6044586
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 7812319
关于积分的说明 16245788
捐赠科研通 5190359
什么是DOI,文献DOI怎么找? 2777352
邀请新用户注册赠送积分活动 1760534
关于科研通互助平台的介绍 1643709