Vibrio eleionomae sp. nov., isolated from shrimp (Penaeus vannamei) pond water

生物 管家基因 16S核糖体RNA 系统发育树 小虾 微生物学 弧菌 拉伤 基因 克莱德 核糖体RNA 遗传学 序列分析 基因组 对虾 全基因组测序 系统发育学 基因组DNA 细菌 生态学 基因表达 解剖
作者
Julissa Enciso-Ibarra,Ana Roque,Carmen Bolán-Mejía,Karen Enciso-Ibarra,Adrián González-Castillo,Bruno Gómez‐Gil
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:73 (5)
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.005866
摘要

A novel Vibrio strain (CAIM 722 T =SW9 T =DSM 24596 T ) was isolated in 2003 from water of a shrimp ( Penaeus vannamei ) culture pond located in Los Mochis, Sinaloa, Mexico, and taxonomically characterized using a polyphasic approach. The 16S rRNA gene sequence clustered within those of the genus Vibrio , showing high similarity to the type strains of the Porteresiae clade. Multilocus sequence analysis using eight housekeeping genes ( ftsZ , gapA , gyrB , mreB , pyrH , recA , rpoA , topA and 16S rRNA) and phylogenetic analysis with 139 single-copy genes showed that the strain forms an independent branch. Whole genome sequencing and genomic analyses (average nucleotide identity, OrthoANI, average amino acid identity and in silico DNA–DNA hybridization) produced values well below the thresholds for species delineation with all methods tested. In addition, a phenotypic characterization was performed to support the description and differentiation of the novel strain from related taxa. The results obtained demonstrate that the strain represent a novel species, for which the name Vibrio eleionomae sp. nov. is proposed.

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