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Molecular Phylogeny of the Mycobacterium avium Complex Demonstrates Clinically Meaningful Divisions

生物 系统发育树 分子流行病学 系统发育学 核酸序列 序列分析 微生物学 病毒学 分枝杆菌 基因型 遗传学 细菌 基因
作者
Richard Frothingham,Kenneth H. Wilson
出处
期刊:The Journal of Infectious Diseases [Oxford University Press]
卷期号:169 (2): 305-312 被引量:106
标识
DOI:10.1093/infdis/169.2.305
摘要

Phylogenetic analysis of nucleotide sequence data is widely used for viral epidemiology. To explore its use in bacterial strain differentiation, the variable 16S-23S rDNA internal transcribed spacer (ITS) in 24 clinical isolates originally identified as Mycobacterium avium complex (MAC) was sequenced. Three isolates had an identical sequence that differed greatly from the rest. They belonged to the recently described Mycobacterium celatum. The 21 MAC clinical isolates gave 6 ITS sequences, each defining a sequevar. Thirteen isolates from 11 AIDS patients with disseminated MAC disease belonged to 2 sequevars, which differed in ITS sequence by 1 nucleotide. In contrast, 7 pulmonary-source MAC isolates were genetically more diverse. They belonged to 4 sequevars, which differed from each other by 6-20 nucleotides and from the disseminated disease-associated sequevars by at least 12 nucleotides. The single urine MAC isolate had the same sequence as 1 of the pulmonary isolates. Because the disseminated disease-associated MAC strains were distinct by ITS sequence analysis, it should be possible to develop a molecular assay to detect them directly in clinical specimens or in environmental samples. Molecular phylogeny at the strain level may be widely useful in studies of bacterial epidemiology and virulence.

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