已入深夜,您辛苦了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整的填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!祝你早点完成任务,早点休息,好梦!

Automated Quantification of Immunohistochemical Staining of Large Animal Brain Tissue Using QuPath Software

免疫组织化学 污渍 计算机科学 脑组织 小胶质细胞 软件 染色 病理 计算生物学 生物 神经科学 医学 程序设计语言 免疫学 炎症
作者
Nicholas J. Morriss,Grace Conley,Sara M. Ospina,Yuling Li,Jianhua Qiu,Rebekah Mannix
出处
期刊:Neuroscience [Elsevier]
卷期号:429: 235-244 被引量:29
标识
DOI:10.1016/j.neuroscience.2020.01.006
摘要

Large scale unbiased quantification of immunohistochemistry (IHC) is time consuming, expensive, and/or limited in scope. Heterogeneous tissue types such as brain tissue have presented a further challenge to the development of automated analysis, as differing cellular morphologies result in either limited applicability or require large amounts of training tissue for machine-learning methods. Here we present the use of QuPath, a free and open source software, to quantify whole-brain sections stained with the immunohistochemical markers IBA1 and AT8, for microglia and phosphorylated tau respectively. The pixel-based method of analysis herein allows for statistical comparison of global protein expression between brains and generates heat-maps of stain intensity, visualizing stain signal across whole sections and permitting more specific investigation of regions of interest. This method is fast, automated, unbiased, and easily replicable. We compared swine brains that had undergone a closed head traumatic brain injury with brains of sham animals, and found a global increase in both microglial signal expression and phosphorylated tau. We discuss the IHC methods necessary to utilize this analysis and provide detailed instruction on the use of QuPath in the pixel-based analysis of whole-slide images.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
天真水香发布了新的文献求助10
刚刚
钮小童发布了新的文献求助10
2秒前
8R60d8应助不爱吃香菜采纳,获得10
3秒前
搜集达人应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
无花果应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
852应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
田様应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
orixero应助科研通管家采纳,获得30
6秒前
JamesPei应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
6秒前
天真水香完成签到,获得积分20
8秒前
沉默的乌冬面完成签到 ,获得积分10
8秒前
9秒前
11秒前
852应助liweiDr采纳,获得10
12秒前
12秒前
榕树下完成签到,获得积分10
13秒前
xjcy应助sing采纳,获得10
13秒前
George完成签到,获得积分10
14秒前
14秒前
刘少山发布了新的文献求助10
14秒前
yyuuaa发布了新的文献求助10
16秒前
16秒前
墨墨发布了新的文献求助10
17秒前
W2026完成签到,获得积分10
19秒前
Singularity应助小米采纳,获得10
19秒前
xuliping发布了新的文献求助10
20秒前
明亮剑完成签到 ,获得积分10
21秒前
科研小学生完成签到,获得积分10
21秒前
科研通AI2S应助sing采纳,获得30
22秒前
包容的绝义完成签到,获得积分10
23秒前
爆米花应助钮小童采纳,获得10
24秒前
24秒前
scigo完成签到,获得积分10
26秒前
28秒前
酷炫果汁完成签到 ,获得积分10
30秒前
liweiDr发布了新的文献求助10
32秒前
小丘2024发布了新的文献求助10
37秒前
42秒前
高分求助中
Kinetics of the Esterification Between 2-[(4-hydroxybutoxy)carbonyl] Benzoic Acid with 1,4-Butanediol: Tetrabutyl Orthotitanate as Catalyst 1000
The Young builders of New china : the visit of the delegation of the WFDY to the Chinese People's Republic 1000
Rechtsphilosophie 1000
Handbook of Qualitative Cross-Cultural Research Methods 600
Chen Hansheng: China’s Last Romantic Revolutionary 500
Mantiden: Faszinierende Lauerjäger Faszinierende Lauerjäger 500
PraxisRatgeber: Mantiden: Faszinierende Lauerjäger 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3139334
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2790231
关于积分的说明 7794518
捐赠科研通 2446658
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1301314
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 626124
版权声明 601109