Automated Quantification of Immunohistochemical Staining of Large Animal Brain Tissue Using QuPath Software

免疫组织化学 污渍 计算机科学 脑组织 小胶质细胞 软件 染色 病理 计算生物学 生物 神经科学 医学 程序设计语言 免疫学 炎症
作者
Nicholas J. Morriss,Grace Conley,Sara M. Ospina,Yuling Li,Jianhua Qiu,Rebekah Mannix
出处
期刊:Neuroscience [Elsevier]
卷期号:429: 235-244 被引量:29
标识
DOI:10.1016/j.neuroscience.2020.01.006
摘要

Large scale unbiased quantification of immunohistochemistry (IHC) is time consuming, expensive, and/or limited in scope. Heterogeneous tissue types such as brain tissue have presented a further challenge to the development of automated analysis, as differing cellular morphologies result in either limited applicability or require large amounts of training tissue for machine-learning methods. Here we present the use of QuPath, a free and open source software, to quantify whole-brain sections stained with the immunohistochemical markers IBA1 and AT8, for microglia and phosphorylated tau respectively. The pixel-based method of analysis herein allows for statistical comparison of global protein expression between brains and generates heat-maps of stain intensity, visualizing stain signal across whole sections and permitting more specific investigation of regions of interest. This method is fast, automated, unbiased, and easily replicable. We compared swine brains that had undergone a closed head traumatic brain injury with brains of sham animals, and found a global increase in both microglial signal expression and phosphorylated tau. We discuss the IHC methods necessary to utilize this analysis and provide detailed instruction on the use of QuPath in the pixel-based analysis of whole-slide images.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
1秒前
wanwei发布了新的文献求助10
1秒前
2秒前
Seren完成签到 ,获得积分10
3秒前
3秒前
栗悟饭完成签到,获得积分10
4秒前
酷酷发布了新的文献求助10
4秒前
华仔应助QXD采纳,获得10
4秒前
崔先生发布了新的文献求助10
5秒前
YanDongXu发布了新的文献求助10
5秒前
5秒前
我是老大应助予Yu采纳,获得10
5秒前
小二郎应助自由的亿先采纳,获得10
6秒前
zigzag发布了新的文献求助10
6秒前
李爱国应助uniphoton采纳,获得10
6秒前
可爱的坤发布了新的文献求助10
6秒前
悦yue发布了新的文献求助10
6秒前
欧阳万仇发布了新的文献求助10
6秒前
7秒前
舒心忆山完成签到,获得积分10
7秒前
沐橘发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
热心市民小红花应助terryok采纳,获得10
8秒前
9秒前
英姑应助直率的夏波采纳,获得10
9秒前
11秒前
华仔应助wanwei采纳,获得20
11秒前
热心市民小红花应助bb采纳,获得10
12秒前
庚辰梦秋完成签到,获得积分10
12秒前
123发布了新的文献求助10
12秒前
NexusExplorer应助张佳明采纳,获得10
13秒前
14秒前
所所应助坦率的伟采纳,获得10
14秒前
wanci应助HJZ采纳,获得20
14秒前
小林发布了新的文献求助10
14秒前
14秒前
15秒前
15秒前
16秒前
高分求助中
Sustainability in Tides Chemistry 2000
The ACS Guide to Scholarly Communication 2000
Studien zur Ideengeschichte der Gesetzgebung 1000
TM 5-855-1(Fundamentals of protective design for conventional weapons) 1000
Pharmacogenomics: Applications to Patient Care, Third Edition 800
Ожившие листья и блуждающие цветы. Практическое руководство по содержанию богомолов [Alive leaves and wandering flowers. A practical guide for keeping praying mantises] 500
A Dissection Guide & Atlas to the Rabbit 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3079871
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2732588
关于积分的说明 7524713
捐赠科研通 2381420
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1262876
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 612123
版权声明 597460