Bioinformatic analysis of carbon utilization pathways in Lactobacillus amylovorus strains

生物 全基因组测序 基因组 营养不良 基因 根际 比较基因组学 功能基因组学 基因组计划 遗传学 基因组学 植物 计算生物学 微生物学 细菌 突变体
作者
Anita Slavica,Bojan Žunar,Ivan‐Krešimir Svetec,Tonči Rezić,Srđan Novak,Božidar Šantek
出处
期刊:Journal of Biotechnology [Elsevier]
卷期号:208: S45-S45
标识
DOI:10.1016/j.jbiotec.2015.06.130
摘要

Paenibacillus riograndensis is a Gram-positive rhizobacterium which exhibits plant growth promoting activities. It was isolated from the rhizosphere of wheat grown in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Here we announce the complete genome sequence of P. riograndensis strain SBR5T. The genome of P. riograndensis SBR5T consists of a circular chromosome of 7,893,056 bps. The genome was finished and fully annotated, containing 6705 protein coding genes, 87 tRNAs and 27 rRNAs. The knowledge of the complete genome helped to explain why P. riograndensis SBR5T can grow with the carbon sources arabinose and mannitol, but not myo-inositol, and to explain physiological features such as biotin auxotrophy and antibiotic resistances. The genome sequence will be valuable for functional genomics and ecological studies as well as for application of P. riograndensis SBR5T as plant growth-promoting rhizobacterium.
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